بهداشتى كه از كشورهاى خليج فارس براى كمك به رزمندگان اسلام به ايران فرستاده مى‌شد بيشتر از سوى وكلا و مقلّدين ايشان بود. نيز اكثر جوانان عراقى كه خود را در جنگ تسليم رزمندگان اسلام مى‌نمودند از مقلّدين ايشان بودند و حتى در صورت اجبار بنا بر فتواى آن عالم بزرگ بسوى نيروهاى ايرانى شليك نمى‌كردند و مهمترين موضع ايشان در خلال جنگ تحميلى عدم توافق با رژيم جنايتكار صدام بود. با اين كه نظام ددمنش و ستم‌پيشه صدام با تمام امكانات درصدد برآمده بود تا از آيت الله فقيد يك سطر تأييد به نفع خويش و بر عليه نظام جمهورى اسلامى بگيرد.
و در اين راستا از بازداشت، تبعيد، به شهادت رساندن و اعمال فشار به اطرافيان و نزديكان و شاگردان ايشان استفاده كرد. تا آن جا كه برجسته‌ترين شاگردش آيت الله سيد محمد باقر صدر(رحمهء الله عليه).و خواهر مظلومه‌اش بنت الهدى و ٢٣ تن از خاندان آيت الله حكيم را كه بسيارى از آنان جزء شاگردان معظم له بودند را به شهادت رسانيد و بيش از شروع جنگ تحميلى نزديك به ٥٥ نفر از بزرگان شاگردانش را در نقاط نامعلومى زندانى نمودند. اما معظم له كوچكترين كلام و كوتاهترين نوشته‌اى را كه رژيم بعث بتواند از آن بهره‌بردارى كند صادر ننموده و با تمام شجاعت در مقابل اذيّت، آزار و فشارهاى رژيم صدام ايستادگى كرد.
در روزنامهء حزب الدعوهء الاسلاميه مورخهء ١٣ رجب.١٤٠١ آمده است كه:
محاصره منزل آيت الله خوئى(رحمهء الله عليه) توسط نيروهاى رژيم بعثى عراق ادامه دارد. طارق عزيز كه قصد ملاقات با معظم له را داشت با مخالفت شديد ايران روبرو شد، حضرت آيت الله خوئى(رحمهء الله عليه).فرمودند: كسى كه دستش به خون شهيد آيت الله صدر آغشته است هرگز با او ملاقات نمى‌كنم.
توجّه خوانندگان محترم را به سؤالى كه از مرحوم شهيد سيّد محمّد باقر صدر در مورد مرحوم آيت الله العظمى خويى(رحمهء الله عليه).استاد ايشان شده است جلب مى‌كنيم:
در حدود ٢٠ سال پيش يعنى در سال ١٣٩٦ هجرى سؤال از حضرت آيت الله‌