بهبودى كه عازم نجف بودند رژيم بعث براى آن كه زعامت و مرجعيت آيهء الله العظمى حكيم را تضعيف نموده و.تحت الشعاع قرار دهد به تمام قبايل و عشاير ساكن در طول مسير بغداد، نجف دستور داده بود تا با برپايى جشن و سرور از موكب آيه الله فقيد استقبال نمايند آيه الله... العظمى خوئى اين معنى را فهميده و در صدد خنثى كردن نقشهء رژيم برمى‌آمد، لذا با اين كه قرار بود شب جمعه از بغداد راهى نجف شوند، سحرگاه سه شنبه پيش از اذان صبح حركت كرده و هنگام اذان صبح به نجف رسيدند مردم و طلاب نجف كه ايشان را در حرم ديدند، بهت‌زده از خود مى‌پرسيدند: چرا آقا بدون اطلاع و بدون استقبال به نجف آمده‌اند. آيهء الله فقيد پس از اداى نماز صبح و صرف صبحانه به سوى كوفه حركت كرده و هنگام طلوع آفتاب بود كه در منزل آيت الله حكيم را دق الباب كرد و اين در حالى بود كه مأموران از ورود اشخاص به منزل ايشان جلوگيرى مى‌كردند و فرزند آيت الله حكيم در را گشود و با كمال ناباورى ايشان را در مقابل خود ديد و در پى آن وارد منزل شده و حدود دو ساعت با مرحوم آيت الله حكيم به گفتگو پرداختند. شهيد آيت الله زادهء حكيم مى‌گفت: از آغاز تا پايان اين ملاقات لحظه‌اى لبخند از صورت پدرم محو نشد و هيچ روزى پدرم را به اين خوشحالى نديده بودم. از عجائب اين كه ايشان و مرحوم.آيهء الله شيرازى در دوران مرجعيت آيت الله العظمى بروجردى.(رحمهء الله عليه).از باب احترام و تأدّب، شهريهء ايشان را مى‌گرفتند در حالى كه خود از مدرسان بزرگ و مشهور عالم تشيع، و بى نياز از آن بودند.

اهتمام آيت الله به تهجد و تزكيه نفس

ايشان از اوان تحصيل به محضر مرحوم آيت الله سيد عبدالغفار مازندرانى و آيت الله ميرزا على آقاى قاضى رسيده و در مكتب اخلاقى و عرفانى آن‌ها به تهذيب نفس پرداخته و در ميان شاگردان مرحوم آيت الله سيد على قاضى، آيت الله العظمى خوئى‌