١٣- آيت الله العظمى شيخ محمد حسين اصفهانى (١٢٩٦ - ١٣٦١ ق).
١٤- آيت الله العظمى ميرزا محمد حسين نائينى (١٢٧٣ - ١٣٥٥ ق).
كه از اين ميان، دو نفر نامبردهء اخير، بيش از ديگران در پرورش روح اجتهاد و تكوين شخصيّت فقهى ايشان، نقش عمده‌اى ايفا كردند.
آيت الله خوئى خود در اين زمينه چنين فرموده‌اند: «... از درس فقه و اصول اين دو، بيشترين استفاده‌ها را نمودم، و در محضر هر يك از ايشان دوره‌اى كامل از علم اصول و برخى از كتابهاى فقه را تلمّذ كردم و در آن هنگام، درس هريك از ايشان را بر جمعى از حاضرين تقرير مى‌كردم.
مرحوم آيت الله نائينى آخرين استادى بود كه همواره ملازم او بودم، و لحظه‌اى از وى جدا نمى‌شدم.» (انتهى)
ايشان از كودكى و نوجوانى به هوش و ذكاوت، و حافظه و استعداد در ميان اقران خود معروف بوده و در اندك زمانى گوى سبقت را از همگان ربود، استاد سيد عبدالعزيز طباطبائى نقل كرده‌اند: زمانى آيت الله فقيد - در حالى كه ١٥، ١٦ سال بيشتر نداشتند در صحن مقدّس امير المؤمنين عليه السّلام به حضور مرحوم آيت الله سيد محمد كاظم يزدى (م‌١٣٣٧ ق) رسيد و از مسئله‌اى پرسش نمود، مرحوم سيد جواب داد، اما آقاى خوئى گفت: شما در عروه، خلاف اين را مى‌فرمائيد؟ و اين مسئله را اين گونه مطرح نموده‌ايد. مرحوم سيد در بازگشت به خانه، به عروه رجوع كرده و حق را به جانب ايشان مى‌دهد. روز بعد، پدر آقاى خوئى را كه جزو اصحاب و اطرافيان مرحوم سيد بوده است - مى‌بيند و به او مى‌فرمايد: قدر اين بچّه‌ات را بدان، او آينده درخشانى خواهد داشت.

- مرحوم آيت الله العظمى خوئى هنگام تحصيل ظاهراً دروس فقه و اصول را