كشته شدن ده‌ها تن از هموطنان و صدها تن از تجمع‌كنندگان عشاير و اهل علم و ساكنان نجف و تعدادى از افسران و سربازانى كه به انتفاضه گرويده بودند و براى حمايت از امام خوئى.(رحمهء الله عليه).حضور داشتند، گرديد.
پس از آن گروهى از نيروهاى كماندوى رژيم به منزل امام خوئى.(رحمهء الله عليه).هجوم آورده و پس از تجاوز به منزل ايشان، او را همراه با كليه معاونينشان از علماء اعلام و نزديكانش از مرد و زن و كودك بازداشت كرده و به وسيلهء هليكوپترهاى ويژه‌اى به بغداد منتقل كرده و در زندانى كه براى اين منظور ترتيب داده شده بود، توقيف مى‌كنند.
حضرت امام خوئى (رحمهء الله عليه).در معيّت فرزندشان علامه سيّد محمد تقى خوئى.(رحمهء الله عليه).مجبور به ملاقات و ديدار با حاكم رژيم بعث صدام حسين شدند.
صدام پس از تهديد امام خوئى.(رحمهء الله عليه).خواست تا مردم را ساكت كرده و از آن‌ها بخواهد سلاح‌هايشان را به زمين اندازند و به دستورات رژيم دست به دوبلاژ و تحريف سخنان امام خوئى در ملاقاتى كه با تهديد و اجبار صورت گرفته بود، زدند.
منابع ويژه و مورد اعتماد ما تأكيد كردند كه سرنوشت علماى اعلام و كسانى كه در معيت حضرت امام خوئى بودند همانند برخى از خاندان بحر العلوم و خرسان و خلخالى و غيره تا اين لحظه معلوم نيست.
همچنين سرنوشت صدها تن از علماى سرشناس آنان حوزه علميه نجف اشرف [١] و خانواده‌هاى سرشناس آنان، همچنان تهديدآميز مانده است. اين علاوه بر مفقود شدن عده زيادى از مردم و زنان و كودكان خانواده‌هاى علماء و شخصيت‌هاى دينى و منازل معروف نجف كه به وطن‌دوستى شهرت دارند، همچنين خبرنگار يكى از

[١] . از جمله دستگيرشدگان حضرت آيت الله العظمى سيد عبد الأعلى سبزوارى است كه از علماء و مجتهدين حوزه علميه نجف اشرف محسوب مى‌شوند، عين گزارش دستگيرى ايشان به نقل از روزنامه جمهورى اسلامى مورخه: شنبه، ١٧ / ١/ ١٣٧٠ برابر با ٢٠ / رمضان / ١٤١١ ش، شماره ٣٤٢٨ سال دوازدهم.