٤- ولما كان كل باب من هذه الأبواب قد يشترك في عدة أبنية، كالثلاثي المجرد من الأسماء الذي له تسعة أبنية، وضع قاعدة لتقديم بعض هذه الأبنية على بعض فقدم ساكن الحشو على المتحرك لأن السكون أخف، وقدم المفتوح الأول لأن الفتحة أخف ثم أتبعه المضموم ثم المكسور. وقدم ياء التأنيث على همزة التأنيث وهمزة التأنيث على النون.
٥- ولما كانت هناك كلمات كثيرة تشترك في الوزن الواحد رأى أن يرتب الأوزان بحسب حرفها الأخير مع أولها ووسطها. وهذا ما يعرف الآن بنظام الباب والفصل، وقد اشتهر بين الباحثين أن الجوهري هو الذي اخترعه، والذي تبين الآن أن الفارابي قد سبقه إليه.
ولكنه عدل في ترتيب ألفاظ المعتل اللام أو المهموزها عن اعتبار الحرب الأخير لأنه واحد في جميعها، واعتبر الحرف الذي قبله مع الحرف الأول. وهذا وجه خلاف بينه وبين الجوهري الذي لم يعدل عن اعتبار الحرف الأخير، حتى في المهموز والناقص.
فكلمة البدء تذكر في الصحاح قبل الخبء لأنها عنده من باب الهمز فصل الباء. ولكنها تذكر بعد الخبء في ديوان الأدب، لأنها من باب الدال فصل الباء، وكلمة الخبء من باب الباء فصل الخاء. ومثل هذا يقال عن كلمتين مثل "نحو" و"رخو" فالأولى تذكر أولًا في ديوان الأدب، ومتأخرة في الصحاح.
٦- اعتبر أحرف الزيادة لمعرفة بناء الكلمة، ولكنه لم يعتبر الزيادة حينما أراد توزيع الكلمات على الأبواب والفصول.
٧- كان في كثير من الأبواب ولا سيما في شطر الأفعال يذيل الباب بتعقيب يتحدث فيه عن أحكام عامة تعلق بالباب كما سنذكر فيما بعد.
٨- في أبواب المعتل كان يفصل الواوي من اليائي ويقدم الأول منهما.