وتأخر أرزاق الجند والحواشي في نظره. وكانت رقاعه تصل إلى المقتدر بالله فيقف عليها ابن الفرات فيقرر عنده صحة ما يذكره ويورده، ويهم المقتدر بصرف علي بن عيسى، فإذا شاور مؤنساً فيه منعه منه، ووصفه بالأمانة والكفاية عنده، إلى أن أُخرج مؤنس إلى مصر لمحاربة العلوي، فقام غريب الخال ونصر الحاجب بأمر ابن الفرات قياماً تم على علي بن عيسى الصرف معه. ثم كتب ابن فرجويه رقعة يقول فيها: متى صرف علي بن عيسى ورد ابن الفرات أطلق للولد والحرم والخدم ومن بالحضرة من الفرسان برسم التفاريق مثل ما كان يطلقه في وزارته الأولى تماماً وإدرارا، وحمل إلى المقتدر بالله في كل يوم ألف دينار وإلى السيدة والأمراء خمسمائة دينار. والتمس وقوف ابن الفرات على رقعته وتعرف ما عنده على ما بذله عنه، فعرضها المقتدر بالله عليه فالتزم القيام بذلك والوفاء بجميعه وكتب له خطه واستقر أمره. وأُطلق في اليوم الذي قبض فيه على علي بن عيسى، ووصل إلى المقتدر بالله وخاطبه بالجميل، وقلده النظر في الأمور، وخلع عليه خلع الوزارة، وركب ومعه أبو القاسم غريب الخال وبين يديه الحجاب والقواد والغلمان، ونزل في دار سليمان بن وهب وحضره الناس على طبقاتهم للسلام والتهنئة.
وحمل إليه المقتدر مالاً وثياباً وطيباً وطعاماً وأشربة وثلجاً وكذاك السيدة. وأقام في هذه الدار ثم نقل الدواوين إليها، وكتب إلى الأمراء والعمال بخبره وإقرارهم على أعمالهم. ورد المقتدر بالله ما كان قبض عنه وعن أهله وكتابة وأسبابه من الضياع والأملاك، فارتجع ما كان حصل في أيدي الناس القواد