وجوماً شديداً وقال: يا هذا، قد وفر الله عليك المرفق، وأسقط عنك المؤامرة، فإن أكبر الأمور عندي في هذه القصة أن وقفت على غلطي وتيقظت مستأنفاً من مثله، والله بيني وبين ابن الفرات، فإن هذا من تعريفه وتوقيفه وإلا فلست ممن يتنبه على ما هذه سبيله. ونهضت من عنده وقد كفيت الأمر، وزالت عني المؤونة والمطالبة، وربحت المرفق الذي كنت على التزامه، وعدت إلى أبي الحسن بن الفرات، وحدثته بالحديث فضحك.
وحدث القاضي أبو علي قال: حدثني أبو الحسن أحمد بن يوسف بن الأزرق قال: لما حمل علي بن عيسى إلى ابن الفرات في وزارته الثالثة رآه ابن الفرات وهو مقبل إليه فبدأ يكتب كتاباً، وجاء علي بن عيسى وهو كالميت خوفاً وجزعاً، فوقف قائماً وابن الفرات يكتب، وعند علي بن عيسى والحاضرين أنه لم يره، وبقي واقفاً نحو ساعة إلى أن فرغ ابن الفرات من كتابته، ثم رفع رأسه وقال: اقعد بارك الله عليك. فأكب علي ابن عيسى عليه يقبل يده ويقول: أنا عبد الوزير وخادمه وصنيعته القديم، وصنيعة أبي العباس أخيه رحمه الله تعالى، ومن لا يعرف صاحباً ولا أستاذاً غيره. فقال: هو كذلك وأنت فيه صادق، وإني لأرعى لك حق خدمتك القديمة لي ولأخي رحمه الله، وما عليك بأس في نفسك، ولولا طاعة السلطان ما أفسدت صنيعتنا عندك. وقرر عليه من المصادرة ما قرره، وعمل المحسن بن علي بن الفرات على قتل علي بن عيسى، فلم يدعه أبوه. واستقر الأمر على نفسه وإبعاده عن الحضرة، واختار هو الخروج إلى مكة وأظهر أنه يريد الحج والمجاورة. وخرج بعد أن ضم