وقد أشكل على التمسك باطلاق الصدر سواء كان افرادياً أو أحوالياً باشكالات ثبوتية مذكورة في الكتاب مع أجوبتها واثباتية ترجع إلى اشكالين ذكرهما السيد الخوئي قدس‌سره نقلاً عن المحقّق الخراساني قدس‌سره :

١ ـ انّ إطلاق أو عموم الشيء للعناوين الواقعية أو الثانوية لا يعني ثبوت الحكم عليها بعناوينها الصنفية الخاصة بل بعنوان كونه شيئاً فيثبت الحكم بالطهارة في المائع المشكوك بوليته ونجاسته لا بعنوان كونه مشكوك النجاسة بل بعنوان انّه شيء وهذا الإطلاق والشمول لا يثبت ظاهرية الحكم ما لم يثبت دخل الشك فيه بل الأمر بالعكس بمعنى أنّه يمكن التمسك بالاطلاق بمعنى آخر وهو عدم أخذ قيد الشك وعدم العلم بالنجاسة في موضوع العام لنفي أخذه في كبرى الجعل وبالتالي يثبت واقعية الحكم لا محالة.

٢ ـ انّه لو اريد التمسك باطلاق الصدر بمعنى شموله لعنوان واقعي يشك في حكمه أي الشبهة الحكمية فهذا يثبت الحكم الواقعي بحسب الفرض وإن اريد التمسك به للعنوان المشكوك كونه بولاً أو ماءً أي الشبهة الموضوعية فهذا بعد ثبوت التخصيص يكون من التمسك بالعام في الشبهة المصداقية البيّن بطلانه.

وكلا الاشكالين إنّما يردان إذا لم يمكن تصوير جعل واحد للحكم بالطهارة على موضوع واحد وافٍ بكلا المجعولين الواقعي في العناوين الواقعية والظاهري في العنوان المردّد ، وأمّا إذا أمكن ذلك فلا وجه لرفع اليد عن إطلاق العام للفرد المشكوك والمدّعى إمكان ذلك إذا جعلنا القيد للعام الثابت بعد التخصيص ما لا يكون خمراً أو بولاً معلوم النجاسة مع بقاء الخاص على اطلاقه بلحاظ النجاسة الواقعية للخمر أو البول.