ايام در نگاه امام خمينى - پژوهشکده انقلاب اسلامی - الصفحة ٤٤
من در تربيت چنين فرزندانى كه با شعاع فروزان خود مردگان را حيات مىبخشند و به ظلمتها نور مىافشانند به اسلام بزرگ مربى انسانها و به امت اسلامى تبريك مىگويم.
من گرچه فرزند عزيزى را كه پاره تنم بود از دست دادم لكن مفتخرم كه چنين فرزندان فداكارى در اسلام وجود داشت و دارد.
مطهرى كه بر طهارت روح و قدرت ايمان و قدرت بيان كمنظير بود رفت و به ملأ اعلا پيوست لكن بدخواهان بدانند كه با رفتن او شخصيت اسلامى و علمى و فلسفىاش نمىرود.
ج ٦، ص ١٠٩- ١١٠ وى خدمتهاى ارزشمندى به اسلام و علم نمود و موجب تأسف بسيار است كه دست خيانتكار اين درخت ثمربخش را از حوزههاى علمى و اسلامى گرفت و همگان را از ثمرات ارجمند آن محروم نمود.
مطهرى فرزندى عزيز براى من و پشتوانهاى محكم براى حوزههاى دينى و علمى و خدمتگزارى سودمند براى ملت و كشور بود.
من به دانشجويان و طبقه روشنفكران متعهد توصيه مىكنم كه كتابهاى اين استاد عزيز را نگذارند با دسيسههاى غيراسلامى فراموش شود.
ج ١٢، ص ٥٦ سالروز شهادت شهيدى مطهر است كه در عمر كوتاه خود اثرات جاويدى به يادگار گذاشت كه پرتوى از وجدان بيدار و روح سرشار از عشق به مكتببود.
او با قلمى روان و فكرى توانا در تحليل مسائل اسلامى و توضيح حقايق فلسفى با زبان مردم و بىقلق و اضطراب به تعليم و تربيت جامعه پرداخت.
آثار قلم و زبان او بىاستثنا آموزنده و روانبخش است و مواعظ و نصايح او كه از قلبى سرشار از ايمان و عقيدت نشأت مىگرفت براى عارف و عامى سودمند و فرحزاست. ج ١٤، ص ٢٠٨