في عصره تأليفا في جميع الميادين: في التفسير والحديث والفقه والتاريخ والتراجم واللغة والنحو. ومن أنفس كتبه اللغوية كتابه "المزهر في علوم اللغة" وهو يضم مباحث واسعة في فقه العربية. وله في النحو مصنفات مختلفة، منها شرحه لمغني ابن هشام وشرحه لشواهده، وكتاب الاقتراح في أصول النحو، ألفه كما يقول في مقدمته على هدي كتاب الخصائص لابن جني، وقد لخص فيه جميع ما يتعلق بتلك الأصول، ورجع أيضا إلى كتابي "لمع الأدلة" و"الإغراب في جدل الإعراب" لابن الأنباري، وأخذ من الأول لبابه وأدخله في ثنايا كتابه, وضم خلاصة الثاني إلى مباحثه في العلة. وهو يتناول في الكتاب السماع والإجماع والقياس والاستصحاب والأدلة والتعارض والترجيح بين مذهبي البصريين والكوفيين، ويتضح في الأبواب الأخيرة أثر استضاءته بعلم أصول الفقه.
ومن مصنفاته في أصول النحو وقواعده الكلية كتاب الأشباه والنظائر المطبوع مثل سالفه بحيدر آباد في الهند، وهو في أربعة مجلدات، وفيه يطبق على العربية المنهج الذي اتخذه الفقهاء في مصنفاتهم للأشباه والنظائر في الفقه، ويصرح بذلك في مقدمته له. ونراه يستعرض أهم ما ألفه الفقهاء في هذا الموضوع, قائلا: إنه وضع كتابه في العربية على ضوء كتاب القاضي تاج الدين السبكي، ما عدا صدره فإنه استلهم فيه كتاب الزركشي، والكتابان جميعا في الأشباه والنظائر الفقهية. وكتاب السيوطي موزع على سبعة فنون: الأول: فن القواعد والأصول التي تُرَدّ إليها الجزئيات والفروع ... وهو -كما يقول- معظم الكتاب ومهمه، والثاني: فن الضوابط والاستثناءات والتقسيمات، والثالث: فن بناء المسائل بعضها على بعض، والفن الرابع: فن معرفة الجمع والفرق، والخامس: فن الألغاز والأحاجي والمطارحات، والسادس: فن المناظرات والمحاورات والفتاوى، والسابع: فن الأفراد والغرائب.
وله في قواعد النحو والتصريف كتاب "همع الهوامع شرح جمع الجوامع" وهو موسوعة ضخمة لآراء النحاة في تلك القواعد من بصريين وكوفيين وبغداديين وأندلسيين ومصريين، ومع كل رأي حججه وأدلته، جمعها من نحو مائة مصنف، لعل أهمها ارتشاف الضرب لأبي حيان. وهو يتعقب فيه آراء النحاة حتى عصره،