پس از اقامه نماز ميت، پيكر مطهر معظم له بر روى دستان انبوه جمعيت عزدار براى تدفين در كنار مرقد استاد بزرگوارشان حضرت آيت اللّه العظمى حاج شيخ عبدالكريم حايرى قدّس سرّه دست به دست شد ولى مجددا بر اثر ازدحام جمعيت در اطراف تدفين، خاكسپارى پيكر مطهر معظم له به تأخير افتاد.

سرانجام حجة الاسلام والمسلمين حاج سيد جواد گلپايگانى طى پيامى كه از بلندگوهاى صحن مطهر حضرت معصومه عليها السّلام پخش مى‌شد از تشييع كنندگانى كه در صحن مطهر و محل دفن ازدحام كرده بودند، خواستند تا اين محل را ترك كنند.

وى در ساعت ١٠/ ١٤ دقيقه اعلام كرد اكنون امكان برگزارى مراسم تدفين نيست و بعدازظهر زمان به خاك سپارى پيكر مطهر به اطلاع مردم خواهد رسيد.

وى در سخنان خود همچنين از مساعدت و همدردى مقام معظم رهبرى، رياست جمهورى، علما و مسؤولين، تشكر و قدردانى كرد.

به رغم درخواست فرزند معظم له از مردم براى خارج شدن از محل دفن پيكر حضرت آيت اللّه العظمى گلپايگانى، انبوه جمعيت همچنان در محل حضور داشتند و نيروهاى انتظامى و سپاه پاسداران سعى در آماده كردن محل براى خاك سپاى پيكر مطهر داشتند.

دقايقى بعد به درخواست يكى از فرزندان معظم له و با استناد به وصيتنامه زعيم عاليقدر شيعيان، زيارتنامه عاشورا در كنار پيكر مطهر ايشان خوانده شد.

سرانجام پيكر مرجع عاليقدر جهان تشيع مقارن ساعت ١٥ روز شنبه بيستم آذر ماه سال يكهزار سيصد و هفتاد و برابر با ٢٦ جمادى الثانى ١٤١٤ در ميان ناله‌هاى شديد مردم و فرياد «الوداع، الوداع» آنها در مسجد بالا سر حضرت فاطمه معصومه عليها السّلام در كنار مرقد استاد گرانقدرش، توسط آيت اللّه انصارى به خاك سپرده شد و براى هميشه سيماى نورانى‌اش از ديدگان محو گرديد، ولى انوار تابناك وجود مبارك و آثار گرانقدرش هيچ‌گاه به فراموشى سپرده نخواهد شد.

پس از مراسم تدفين، امت سوگوار در قالب دسته‌هاى منظم عزادارى در داخل صحن حرم حضرت فاطمه معصومه عليها السّلام بر سر و سينه مى‌زدند و در اين ماتم بزرگ مى‌گريستند. اين تا لحظات معنوى اذان مغرب ادامه يافت.