واستمر الحصار سبعة أشهر، حتى خشي عمرو أن يضيق جنده، فوهب الزبير نفسه وتسور الحصن ففتحه الله عليهم، وانفتح الطريق أمام المسلمين إلى مصر السفلى, واستجاب القبط للمسلمين فعاونهم في تمهيد طرقهم إلى الإسكندرية، على الرغم من فيضان المياه.
واستغرق مسير المسلمين إلى الإسكندرية اثنين وعشرين يومًا، اصطدم فيها المسلمون بالروم في ترنوط عند فرع رشيد، وعند الكوم وفي سنطيس، وانتصر المسلمون في هذه المصادمات. ثم التقوا مع الروم في وقعة الكريون؛ حيث اقتتلوا عشرة أيام متصلة قتالًا عنيفًا؛ إذ كانت الكريون آخر سلسلة من الحصون قبل الإسكندرية. وكانوا في الحقيقة يدافعون المسلمين عن التقدم إلى الإسكندرية، واستبسلوا في الدفاع حتى صلى عمرو صلاة الخوف ونصر الله المسلمين.
وأبلت الإسكندرية في الدفاع أمام المسلمين، الذين لاقوا شدة من منجنيقاتها وحصانتها. وتنبأ عمرو بطول الحصار، فأرسل حملات لتطهير الدلتا. وبرغم توقف الإمدادات وموت هرقل لم تيئس الإسكندرية. وكان عمر في المدينة حنقًا لإبطاء الفتح، فأرسل كتابًا عنيفًا إلى عمرو قرأه في جنده، وعقد لواء الإسكندرية لعبادة ففتحها الله عليه. وأسرع المقوقس ليعقد الصلح مع عمرو.
وذهل المسلمون أمام روعة الإسكندرية وراحوا يستقرون بمصر، وابتنوا الفسطاط، ولكن الروم عادوا كرة أخرى كما فعلوا بالشام يحاولون استعادة مصر بحملة قادها مانويل، فاحتل الإسكندرية، وتقدم إلى الدلتا، وانتدب عثمان بن عفان عمرًا رائد فتح مصر فأذاق الروم هزيمة منكرة في الإسكندرية، ثم هدم أسوارها، وارتدت الحملة خاسرة؛ لكن الروم عادوا بعد ذلك يحاولون نفس المحاولة بعد تسع سنوات في مشروع قسطانز؛ لاستعادة مصر والشام، وأوقع العرب بهم، ولقيت فلولهم عاصفة أتت عليهم في البحر.
ولم يستطع المسلمون أن يتقدموا في بلاد النوبة بعدما لاقوا في المعركة التي قادها عقبة بن نافع؛ إذ رجع المسلمون وقد أصابت سهام القوم أحداقهم، فاتجهوا إلى