كوتاه‌فكر، در اثر دسترسى نداشتن به امام معصوم عليه‌السلام، نسبت به تعاليم دينى مى‌كردند و شبهه‌هايى كه در ذهن افراد ايجاد شده‌بود، شيخ مفيد را بر آن داشت تا به مبارزه‌اى جدى عليه اين خطرها برخيزد. مرحوم مفيد در راستاى مبارزه با اين مفاسد، همچون فقهاى گذشته به تبيين فقه شيعه و گسترش احاديث ائمه اطهار پرداخت و به شبهه‌هاى عقيدتى مخالفان كه برخى از آنان با اطلاع از علم كلام و فلسفه به شبهه‌هاى خود سر و صورتى داده‌بودند، جواب داد و از امامت اميرمؤمنان على (ع) و اولاد معصومش دفاع كرد و در اين رابطه كتابهايى نوشت. شيخ مفيد با تسلط كاملى كه بر فقه و اصول داشت، تحولى درفقه شيعه به وجود آورد و جلو تبليغات اهل‌سنت كه فقه شيعه را فقهى سطحى معرفى مى‌كردند، گرفت. او طريقه استنباط احكام از ادله شرعيه را به شاگردانش آموخت و قواعد علم اصول را مرتب كرد. اين عالم بزرگ درباره مسائل اعتقادى و كلامى كه انحراف در آن خطر بزرگى براى شيعه و ساير مسلمانان به حساب مى‌آمد، دست به تأليفاتى زد و شيعه آن زمان را بى‌نياز كرد. اين كتابها از زمان او تا به امروز مورد استفاده دانشمندان اسلام قرار دارد. «١» شيخ مفيد براى خنثى‌سازى تبليغات مخالفان، مناظره‌هاى زيادى با آنان كرد كه به عنوان نمونه يكى از آنها را در اينجا نقل مى‌كنيم. «سيد مرتضى» نقل مى‌كند: يكى از مخالفان شيعه به شيخ مفيد گفت: من فرقه‌اى جسورتر از شيعه در ادعاى محال نديدم. زيرا آنان عقيده دارند كه آيه «انَّما يُريدُ اللَّهُ لِيُذْهِبَ عَنْكُمُ الرِّجْسَ اهْلَ الْبَيْتِ وَ يُطَهِّرَكُمْ تَطْهيراً» «٢» درباره على (ع) و فاطمه و (امام) حسن و (امام) حسين (عليهم‌السلام) نازل شده و حال آنكه با توجه به اول و آخر آيه معلوم مى‌شود، آيه مربوط به زنهاى پيامبر (ص) است. شيخ مفيد در جواب او فرمود: