تحريرات في الأصول - الخميني، السيد مصطفى - الصفحة ٦ - كتبه المفقودة
٣- الخلل في الصلاة، و هذا غير ما كتبه في النجف الأشرف المطبوع ضمن تراثه.
٤- المختصر النافع في علم الأصول، كتبه أثناء دورته الأصوليّة الأولى.
٥- رسالة في قاعدة «لا ضرر».
٦- رسالة في حديث الرفع.
٧- رسالة في العلم الإجمالي، كتبها في «القيطرية» أثناء التبعيد.
٨- كتاب الإجارة، و هو مجلّدان.
٩- المكاسب المحرّمة، و هو جزء من كتابه الكبير «تحريرات في الفقه».
١٠- تتمّة كتاب البيع، و فيه الأبحاث الباقية من كتاب البيع المطبوع ضمن تراثه.
١١- كتاب الخيارات، و هو المجلّدان الأوّل و الثاني من الخيارات.
١٢- رسالة في علم الباري.
١٣- رسالة في الردّ على كتاب «الهيئة و الإسلام».
١٤- رسالة في قضاء الصلوات.
١٥- الفوائد الرجالية.
١٦- كتاب الاجتهاد و التقليد، مفصّلة.
١٧- كتاب الصلاة، و الظاهر أنّه قسم من كتابه الكبير «تحريرات في الفقه»، و قد صرّح بكتابته لبعض مباحثه نحو «صلاة المسافر» و «القضاء عن الولي» و «صلاة الجماعة» و «أوقات الصلوات» و «مكان المصلّي» و «الأذان و الإقامة».
١٨- رسالة في «السرقفلية».
و له تعليقات كثيرة على عدة من الكتب الأدبية و الفقهيّة و الرجاليّة و الفلسفيّة و العرفانيّة و قد صرّح ببعضها في مطاوي كتبه:
منها تعليقته على «شرح الرضي على الكافية».