وقد منح كل ذلك فرصة لسماحة المرجع السيد الحكيم(دام ظله) لمزيد من النشاط العلمي والتربوي والاجتماعي داخل السجن.
١ ـ النشاط العلمي والثقافي:
تنوع نشاط سماحته بين تدريس فضلاء السادة خاصة انّ العديد من المعتقلين من السادة آل الحكيم كانوا طلاّب درسه ـ البحث الخارج ـ قبل الاعتقال فابتدأ سماحته درسين على مستوى البحث الخارج احدهما في الفقه والآخر في علم الأصول.
كما اهتم سماحته بإحياء المناسبات الدينية بإلقاء المحاضرات الثقافية العامة التي كان لها تأثير كبير في تلك الظروف القاسية، وكذلك تصديه للإجابة على المسائل العلمية المتنوعة.
وكان من ضمن النشاط العلمي تأليف عدد من الكتب المتنوعة نذكر منها:
١ ـ دورة في تهذيب علم الأصول، حيث أكملها بعد الاعتقال وطبعت بعنوان «الكافي في الأصول».
٢ ـ كتاب الخمس، وهو كتاب فقهي استدلالي، يتضمن جانباً من البحوث الفقهية التي درّسها في السجن.