وفي العصر الجمهوري ارتبط الأزهر بالحكم بصورة أكبر حتى تحول إلى مؤسسة من مؤسسات الدولة وقد تمثل موقفه المداهن للحكم الشديد الارتباط به في انحيازه الكامل إلى صف عبد الناصر ضد الإخوان المسلمين وإصداره الفتاوى المتطرفة والعدائية ضدهم ثم تبلور أكثر في تبنيه الخط الاشتراكي الذي تبناه عبد الناصر والخط السياسي المعادي لإسرائيل والغرب الذي انتهجته الدولة في فترة الستينيات.. [١٤١]

وفي فترة السبعينيات انقلب موقف الأزهر سيرا مع الاتجاه الجديد للحكم الذي أعلن المصالحة مع الأخوان المسلمين والاعتراف بالكيان الصهيوني في فلسطين والارتباط بالغرب وتم توظيفه ليلعب دورا ضد الشيوعية والعلمانية.. [١٤٢]

وفي فترة الثمانينيات انقلب الأزهر على التيار الإسلامي وإيران والشيعة سيرا مع التوجه الجديد لنظام الحكم ولا يزال على هذا الموقف.. [١٤٣]

ومن الملاحظ أن ارتباط الأزهر بنظام الحكم الجمهوري قد أغرقه في السياسة وباعد بينه وبين دوره الفقهي ويعود السبب المباشر في ذلك إلى اندماجه وذوبانه داخل الدولة حتى أصبح المفتي وشيخ الأزهر كلاهما يعينان بقرار من رئيس الجمهورية.

ولم يعد لمفتي الجمهورية من دور سوى أن يرصد حركة الأهلة ليعلم الناس بقدوم شهر رمضان وعيد الفطر والأضحى بالإضافة إلى المهمة التشريعية التي شرفه بها القضاة وهي إبداء الرأي في حالات الحكم بالإعدام على الأشخاص والنظر في مدى مطابقتها لأحكام

المدح والثناء والتبجيل لفاروق ووالده والعائلة الحاكمة. ومن بين نصوص البيان قوله: وقد استجاب الله دعاء هذا الشعب المخلص لجلالته الوفي لعرشه. فتحققت للبلاد أمانيها واستكملت استقلالها وهبت نشطة بفضل توجيه الفاروق العظيم. انظر مجلة الأزهر أعداد رمضان وجمادى الأولى عام ١٣٦٨ هـ‌. واحتفل الأزهر أيضا بعيد جلوس فاروق على العرش الموافق ٦ / ٥ / ١٩٤٩ وكذلك ذكرى رحيل الملك فؤاد. انظر إعداد الأزهر في تلك الفترة.

[١٤١]أنظر موقف الأزهر من الحركة الإسلامية ونماذج من منشورات الأزهر المعادية للإخوان في تلك الفترة في كتابنا الحركة الإسلامية في مصر..

[١٤٢]أنظر المرجع السابق، وقد أعلن الأزهر موافقته على الصلح مع إسرائيل.