ولما كان مرهقًا بكثرة العمل, والاضطلاع بمختلف الشئون, خصص له ديوان المدارس مدرسًا فرنسيًّا ليعاونه في إدارة المدرسة, والتفتيش على الدورس وأمانة المكتبة، وليخفف بمعاونته من هذه الأعمال التي يضيق الزمن عنها, فإنه كان يطوف كل عام بمكاتب المبتديان في الأقاليم؛ ليشرف على امتحان التلاميذ الذين يتقدمون إلى المدرسة التجهيزية؛ ليحلق المتفوقين منهم بها.
ومن العجيب أن يضطلع إلى جانب هذا كله بنظارة مدرسة التجهيزية, والوقائع المصرية, والكتبخانة الأفرنجية, ومخزن عموم المدارس, والإشراف على قلم الترجمة الذي أُسِّسَ بمردسة الألسن, والإشراف على مدرسة المحاسبة, والفقه الشرعيّ, والإدارة, والأحكام الأفرنجية, وملاحظة المكتب العالي "بالخانقاه" وقد ظل رفاعة بك مديرًا لمدرسة الألسن, والمدارس الملحقة بها, حتى أوائل عصر عباس الأول؛ حيث نقلت من الأزبكية إلى الناصرية، ولما ألغيت مدرسة الألسن, عُيِّنَ ناظرًا للمدرسة الابتدائية التي أنشئت في الخرطوم.
تلك هي الوظائف التي شغلها رفاعة بك, الذي كان حركةً دائبةً, وعملًا موصولًا, وإنهاءً لجهود جبارة تتقاصر دونها جهود الرجال، وتعيا عن حملها قوى متضافرة وعزائم متعاونة, عدا ما اضطلع به من أعمال جسام عقب عودته من الخرطوم.
نفيه إلى الخرطوم:
لنظارته لمدرسة الخرطوم بالسودان قصةٌ تهوى النفوس معرفتها:
تولى عرش مصر عباس باشا الأول, بعد وفاة إبراهم, وكان محمد علي لا يزال ينوء بمرضه, ولعباس نفس تلح عليه أن ينسخ ما فعله محمد علي, وينتهز فرصة موته لتنفيذ خطته الرجعية.
ويقول الأستاذ أحمد عزت عبد الكريم في كتابه تاريخ التعليم: "إن