المدارس المصرية, وأضاف إليه بعض زيادات نافعة, وعرضه على المرحوم محمد علي باشا فارتاح له, وأمر بطبعه ونشره, وقد طبع غير مرةٍٍٍٍ, كما له في الجغرافية أيضًا كتابٌ يسمى: "الكنز المختار في كشف الأراضي والبحار".
أنوار توفيق الجليل وتوثيق بني إسماعيل:
جمع هذا الكتاب من التواريخ القديمة والحديثة العربية والغربية طرفًا, فمنه تاريخ مَنْ حكموا مصر من الدول والملل في جميع الأعصر, سواء كانوا من أهلها, أم أجانب عنها, قبل الإسلام وبعده, وذلك بعد أن قسَّم التاريخ إلى أثريّ وبشريّ, ومهَّد لتاريخ مصر وقسمه أقسام وضعية مبنية على أطوارها الطبيعية، وقد طبع بمطبعة بولاق, وبأوله تقاريظ لبعض الأدباء.
وله غير ذلك.
مختصر معاهد التنصيص -وهو اختصار المعاهد مع بعض زيادات نافعة، وجمال الأجرومية وهي منظومة سهلة، المذاهب الأربعة -وهو بحث فيها ألفه حين كان ناظرًا لمدرسة الألسن وانتفع به تلامذته، وشرح لامية العرب، والقانون المدنيّ الإفرنجي؛ نقله من الفرنسية إلى العربية, وقد عاونه بعض تلامذته, وعَرّبَ أيضًا قانون التجارة الفرنسي, ومن القوانين التي عرَّبَها رفاعة وتلامذته, استمد الشارع المصريّ معظم أحكام قوانين المعاملات المدنية والمرافعات والعقوبات, تلك القوانين التي بُنِيَ على أساسها النظام القضائيّ الحديث, ومن ذلك يتبين فضل رفاعة بك وتلامذته في إقامة صرح العدالة في مصر١.
ومن آثاره أيضًا كتاب "هندسة ساسير" وترجمه من الفرنسية إلى العربية, وكتاب "نهاية الإيجاز في سيرة ساكن الحجاز" وكان آخر مؤلفاته هذا الكتاب٢ وقد عَرّبَ طائفةً أخرى من الرسائل منها:

١ تاريخ الحركة القومية, لعبد الرحمن بك ج٣ ص٤٩٦.
٢ نشر هذه الكتاب تباعًا بمجلة "روضة المارس" في العدد ٤ من السنة الثانية, وما وليه من السنة الثالثة والرابعة والخامسة.