وفي المقام التالي وجهت ضربة ثانية للشيعة فيما عرف بالتنظيم الشيعي الخميني أيضا. ويبدو أن الحكومة لم تكتفي بالتنظيم الأول فقررت أن تخترع تنظيما ثانيا يفي بالغرض الذي عجز عن تحقيقه التنظيم الأول عل يما يبدو. [١١]

إلا أن الرأي العام المصري كان قد استقبل الاعلان عن اكتشاف التنظيم الثاني بفتور شديد ولم يحظ التنظيم المزعوم بتركيز إعلامي كبير مثلما حدث مع سابقه.

والشئ الملفت للنظر في قضية التنظيم الثاني أن نفس التهم التي وجهت للأول هي نفس التهم التي وجهت للثاني حتى أن مانشيتات الصحف كانت متقاربة إلى حد كبير.

ومع بداية عام ٩٠ بدأت الضغوط تتلاشى تدريجيا عن الشيعة حيت تلاشت تماما مع توقف الحرب العراقية الايرانية وكان حملة العداء على الشيعة في مصر كانت موقوتة بالحرب. وهذا لا يعني أن الشيعة أصبحت تيارا مشروعا في مصر فلا تزال هناك محاذير أمنية كثيرة تحوم من حولها وهي نابغة كلها من خلال الموقف من إيران..

وإذا كان الشق السياسي في الحرب التي شئت على الشيعة في مصر قد تنحى جانبا بعد حرب الخليج. إلا الشق المذهبي العقائدي لا زال له وجوده الفعال ودوره البارز في الحرب المقدسة التي يرفع رايتها التيار السلفي الوهابي وهو مستمر في رفعها حتى اليوم.. ولن تطوى راية هذه الحرب حتى قيام الساعة.. [١٢]