لقد كان في مواجهة الجمعية ثلاث قوى متربصة بها وزارة الشئون الاجتماعية وهي الجهة المختصة بإصدار التراخيص الخاصة بالجمعيات الأهلية. ووزارة الأوقاف وهي الجهة الخاصة بالدعوة والإرشاد الحكومي. أما الجهة الثالثة فهي مباحث أمن الدولة..

وزارة الشئون أصدرت قرار الحل..

ووزارة الأوقاف صادرت مسجد الجمعية..

ومباحث أمن الدولة حالت دون تنفيذ حكم القضاء..

كانت مبررات وزارة الشئون تتلخص في أن الجمعية خالفت القانون الخاص بالجمعيات.

وكانت مبررات وزارة الأوقاف أن الجمعية تمثل خطورة على عقائد الناس ووحدة صفوفهم وتغزو عقولهم بأفكار غريبة عن الدين الذي توارثوه. وما أفاد به مجمع البحوث الإسلامية بخصوص كتابي " المراجعات " وعلي لا سواه، بخصوص منع هذين الكتابين من منشورات الجمعية..

وكان موقف مباحث أمن الدولة ينص على أن الجمعية تروج للفكر الشيعي في البلاد كما يتردد عليها كثير من الطلبة العرب والإيرانيين الذين يدينون بالمذهب الشيعي ويقدمون التبرعات المالية لنشر مبادئ هذا المذهب..

من هنا فقد هددت مباحث أمن الدولة القائمين على الجمعية لتحول بينهم وبين تنفيذ الحكم القضائي الذي صدر لصالحهم..

ولا تزال الجمعية موقوفة في انتظار عودة العلاقات المصرية الايرانية..

والجدير بالذكر هنا أن جمعية آل البيت لا تمثل الشيعة في مصر وإنما هي أحد أنشطة الشيعة..