لكن العداء المستحكم بين السامريين ومناوئيهم اليهود، ظل كامنا كمون النار في الحجر وكان السامريون يتحينون الفرص للإيقاع بخصومهم ويستغلون التطورات السياسية لتنفيذ غايتهم. فعندما اجتاح فلسطين القائد الروماني بومبي، قابله السامريون بترحاب وتعاونوا معه في الاستيلاء على القدس (٦٣ ق. م.) ، فكافأهم بأن أعاد إليهم استقلالهم ويسر لهم إعادة بناء هيكلهم.
وبعد قرن من السنين قام اليهود بثورتهم الكبرى ضد رومية، فكان أول عمل قام به الثوار أنهم أغاروا على السامريين ودمّروا هيكلهم مرة أخرى. فثأر السامريون لأنفسهم بأن انضموا إلى الجيش الروماني الذي قدم لإخماد الثورة بقيادة إسبازيان، فصاروا يدلونه إلى مواطن الضعف في وسائل دفاع اليهود والسبل السرية المؤدية إلى معاقلهم، وعندئذ أعاد إسبازيان بناء بلدة شيكيم وأطلق عليها اسم) Flavia Neapolis نابلس) فصارت إدارتها رومانية. وفي سنة ١٣٢ م. جدّد القيصر أدريان معبد جوبيتر فوق الجرزيم، وهو المعبد الذي ما زالت أطلاله قائمة حتى اليوم، فأراد بذلك أن يصرف الأنظار عن هيكل اليهود في القدس بعد تدميره.
ومن غريب أمر هؤلاء السامريين، أنهم على الرغم من الجفاء الذي كان مستحكما يومئذ بينهم وبين اليهود، وعلى تساهلهم في قبول البدع الهيلانية، لم يتحمسوا لظهور النصرانية ولم يقبلوا بها. لذلك لحق بهم الأذى الذي أصاب اليهود بعد القرن الرابع للميلاد، عندما أصبحت النصرانية دين الدولة الرسمي في الإمبراطورية الرومانية. فقد