مطرها شتاء بسبب بعض المنخفضات الشتوية التي تنحرف نحو الجنوب على طول البحر الأحمر، فإن الأمطار في بقية الأقاليم السودانية تسقط في نصف السنة الصيفي، إلا أن طول الفصل الممطر يكون في الجنوب أطول بكثير منه في الشمال، فبينما يبلغ طوله بين ١٠ و١١ شهرًا على الحدود الجنوبية للبلاد فإنه يتناقص كلما اتجهنا شمالًا حتى يصل إلى شهرين فقط في الخرطوم ثم يزداد تناقصه حتى ينتهي في الصحراء، ويرتبط هذا التناقص بحركة الجبهة الاستوائية ltcz مع حركة الشمس الظاهرية وتناقص فترة تعامدها كلما ابتعدنا عن خط الاستواء.
ومع تناقص طول الفصل الممطر تتناقص كذلك كمية المطر كلما اتجهنا شمالًا، بسبب قصر فصل سقوطها وبسبب تناقص سمك طبقة الهواء البحري القادم من الجنوب وتناقص فرص تكون السحب تبعًا لذلك, ولكن بينما يكون تناقص طول الفصل الممطر منتظمًا فإن تناقص كمية المطر لا تسير بنفس الانتظام؛ لأنها لا تتوقف على حركة الشمس وحدها بل تتوقف كذلك على طبيعة سطح الأرض واتجاه الرياح الممطرة بالنسبة للمنحدرات الجبلية، ولهذا فإن أمطار المناطق الواقعة في حضن هضبة الحبشة في شرق السودان تزيد على أمطار السهول الواقعة على نفس العروض في وسط البلاد وغربها. لأن وجود حافة هضبة الحبشة في طريق الرياح الجنوبية الغربية الرطبة يؤدي إلى زيادة الأمطار عليها وعلى الأراضي السودانية المجاورة لها، كما هو واضح من انحراف خطوط المطر المتساوي نحو الشمال على هذه الأراضي. وبنفس الطريقة فإن وجود المناطق الجبلية المرتفعة في منطقة منابع بحر الغزال في جنوب غرب البلاد، ووجود جبال إيما تونج في أقصى الجنوب الشرقي قد أدى إلى زيادة أمطار هذه المناطق زيادة واضحة عن أمطار سهول بحر الجبل وبحر الزراف الواقعة في ظل المطر.
أما الصومال فله ظروفه الخاصة التي أدت إلى نقص أمطاره بدرجة أدت إلى انتشار المظاهر الصحراوية في القسم الأكبر منه على الرغم من