والده يأبى عليه السفر فلم يزل به حتى أرضاه وسمح له فسافر إلى مصر بطريق البحر من بيروت فوصل الإسكندرية مساء الجمعة الثالث من كانون الثاني سنة ١٨٩٨م ١٣١٥هـ ووصل القاهرة يوم السبت في الثامن عشر من شهر سنة ١٨٩٨م الموافق ١٣١٥هـ وفي ضحوة اليوم التالي ذهب إلي دار الشيخ محمد عبده في الناصرية لزيارته فقابله وصارحه القول في الغرض من هجرته إلي مصر وأخذ يتردد على داره ويقابله الشيخ محمد عبده كل مرة مقابلة ود وإجلال فتوثقت أواصر الأخوة والصداقة بينهما فاستشاره في اختياره اسم المجلة التي يزمع إصدارها وقدم له عدة أسماء فوقع اختيار الشيخ محمد عبده على اسم "المنار".
سنة إنشاء مجلة المنار:
فأنشأ مجلة المنار في مدينة القاهرة سنة ١٣١٥هـ الموافق ١٨٩٨م وصدر العدد الأول منها في الثاني والعشرين من شهر شوال عام ١٣١٥هـ وكانت أول سنتها غرة ذي القعدة ثم صارت في أول محرم وأصبحت السنة الهجرية هي سنة مجلة المنار الحسابية منذ السنة الخامسة ١٣٢٠هـ فأخذ السيد رشيد رضا يقاوم على صفحات مجلة المنار البدع والخرافات التي أضرت بالمسلمين وألصقت بالدين ويحارب العقائد الزائفة ويحث فيها على ضرورة التعليم وحسن التربية والتوجيه ويحث على كثرة إنشاء المدارس لأنها السبيل الوحيد لإزاحة الجهل وإصلاح أعمال الدنيا والدين. وكان ينشر في مجلة المنار لكثير من العلماء والمصلحين وينشر ما كان يقتبسه من دروس شيخه الشيخ محمد عبده ومجالسه بعبارة صحيحة فصيحة يعتز شيخه بعزوها إليه حتى استطاع أن ينشر فضل شيخه ويوجد له تلاميذا ما كانوا يعرفون شيئا عن الشيخ محمد عبده إلا من مجلة المنار ومطبوعاتها. وكان مسموع الكلمة عند الشيخ محمد عبده فكثيرا ما يشير عليه بأن يفيد في تحقيق رسالة الإصلاح فيأخذ بمشورته فهو الذي حمله بالإلحاح على قراءة التفسير الدين كان يكتبه بمجلة المنار في الجامع الأزهر