الكنيسة فوجد دم يحيى يغلي، ويفور، ويسيل، فعجب لذلك، ثم قال: ما بعثت إلا لأنتصر لهذا الدم، لا أزال أقتل عليه أبداً حتى يسكن ويغيب، فدعا بكرسي، فنصبه، وجلس عليه، ثم أمر بالسيافين، فقاموا، ثم أمر بهم أن يأتوا عشرة عشرة مكتفين، فضرب أعناقهم على الدم، والدم يغلي، ويفور، ويسيل، فقتل يومه ذلك إلى الليل. ثم غدا الوم الثاني فقتل عليه حتى الليل، والدم يغلي، ويفور. ثم غدا عليه اليوم الثالث فقتل عليه خمسة وسبعين ألفاً. قالوا: هي دية كل نبي. فجاء نبي من أنبياء بني إسرائيل يقال له: إرميا، فوقف على الدم فقال: أيها الدم، دم يحيى، فني بنو إسرائيل والناس فيك. قال: فسكن الدم، ورسب حتى غاب، فأمر بالكرسي، فرفع، ورفع السيف. قالوا: وهرب من هرب إلى بيت المقدس، فتبعهم إلى بيت المقدس حتى دخلها وخربها، وقتل فيها وسبى ثم رجع.
وعن علي: في قوله عز وجل: " وقضينا إلى بني إسرائيل في الكتاب " إلى " أولاهما " قال: قتل زكريا، وقال: " فإذا جاء وعد الآخرة " مقتل يحيى. والأولى من فساد هذه الأمة مقتل عثمان، والآخرة النفس التي تباح لها قريش.
وعن وهب بن منبه: أن يحيى بن زكريا لما قتل رد الله إليه روحه، وأوقفه بين يديه، فقال له: يا يحيى، هذا عملك الذي عملته، وقد أعطيتك ثواب عملك، لكل واحدة عشراً، الحسنة بعشرة أمثالها، قال: فرأى يحيى ثواب عمله، فإذا قد أعطي من الثواب ما لا عين رأت، ولا أذن سمعت، ولا خطر على قلب بشر، فقالالله: يا يحيى هذا عملك، وهذا ثوابه، فأين نعمائي عليك؟ ثم قال الله عز وجل للملائكة: أخرجوا نعمائي عليه، فأخرجوا نعمة واحدة من نعمه، فإذا قد استوعبت حميع أعماله والثواب، فقال يحيى: إلهي، ما هذه النعمة الجليلة العظيمة التي قد استوعبت عملي وعشرة أضعاف ثوابها؟ فقال الله عز وجل: هذه النعمة الجليلة العظيمة معرفتك بي. قال: فخر يحيى لوجهه، فقال: إلهي جازني برحمتك وبفضلك لا بعملي.