وهشام بن عروة وحسينًا المعلم والأعمش وإسماعيل بن أبي خالد وسعيدا الجريري ومجالدا وزكريا بن أبي زائدة وعمر مولى غفرة وطبقتهم. حدث عنه حماد بن سلمة مع تقدمه وابن وهب وإسحاق بن راهويه ومسدد وإبراهيم بن موسى الفراء وابن المديني وأبو بكر بن أبي شيبة وسفيان بن وكيع وعلي بن حجر وعلي بن خشرم ونصر بن علي والحسن بن عرفة وخلق كثير. سئل عنه علي بن المديني فقال: بخ بخ ثقة مأمون. وقال أحمد بن داود الحداد: سمعت عيسى بن يونس يقول: لم يكن في أسناني أبصر بالنحو منى فدخلني منه نخوة فتركته.
قال أحمد بن حنبل الذي كنا نخبر أن عيسى بن يونس سنة في الغزو، سنة في الحج فقدم بغداد في شيء من أمر الحصون فأمر له بمال فأبى أن يقبل. وقال أحمد بن جناب غزا عيسى خمسًا وأربعين غزوة وحج خمسًا وأربعين حجة. قال الوزير جعفر بن يحيى البرمكي: ما رأيت في القراء مثل عيسى بن يونس وذكر أنه عرض عليه مائة ألف درهم فردها وقال: والله لا يتحدث أهل العلم أنى أكلت للسنة ثمنًا. قال محمد بن سعد: كان ثقة ثبتًا. وقال الوليد بن مسلم ما أبالي من خالفني في الأوزاعي ما خلا عيسى بن يونس فإني رأيت أخذه أخذًا محكمًا وهو أفضل من بقي من علماء العرب وأبو إسحاق الفزاري ومخلد بن الحسين.
وقال محمد بن عبيد الطنافسي: يا أصحاب الحديث ألا تكونون مثل عيسى بن يونس كان إذا جاء إلى الأعمش ينظرون إلى هديه وسمته وقال وكيع ذاك رجل قد قهر العلم. قال محمد بن عبد الله بن عمار: عيسى حجة أثبت من أخيه إسرائيل وقال أبو زرعة: حافظ. قال ابن معين رأيت على عيسى قباء محشوا وخفين أحمرين كان يلبس ذلك للغزو. قال محمد بن داود سمعت عيسى بن يونس يقول: أربعين حديثا حدثنا بها الأعمش فيها ضرب الرقاب لم يشركني فيها غير محمد بن إسحاق وربما قال الأعمش: يا محمد من معك فيقول: عيسى. فيقول ادخلا وأجيفا الباب. كان يسألني عن الفتن.
يعقوب بن شيبة سمعت إبراهيم بن هاشم سمعت بشر بن الحارث يقول: كان عيسى بن يونس يعجبه خطي وكان يأخذ القرطاس فيقرأه فيكتب شيئا من نسخة قوم ليس من حديثه قال كأنهم لما رأوا من إكرامه لي ادخلوا عليه في حديثه فجعل يقرأ علي ويضرب على تلك الأحاديث فغمّنى ذلك فقال: لا يغمك فلو كان واوا ما قدروا أن يدخلوه عليّ. قال عبد الله بن أحمد سألت أبي عن عيسى بن يونس فقال: عيسى يسأل عنه. قال محمد بن المنذر الكندي جاز ابن إدريس عام حج الرشيد فدخل الكوفة فقال لأبي يوسف قل للمحدثين يأتونا يحدثون فلم يتخلف إلا عبد الله بن إدريس وعيسى ب يونس فركب