سني خلافته إلا في الأولى والأخيرة استخلف على المدينة في بعضها عامر بن ربيعة بن كعب العنزي العدوي.
وكان يصلي بالناس في المسجد النبوي أبو أيوب خالد بن زيد الأنصاري بعد استئذان سعد القرظ المؤذن عليا فدام أياما ثم صلى بهم علي ويقال بل أمر على سهل ابن حنيف فصلى بالناس من أول ذي الحجة إلى يوم العيد ثم صلى علي بالناس العيد واستمر حتى قتل رضي الله عنهم.
وبويع لعلي الذي لم يتهيأ له الحج في سني خلافته واستخلف حين خرج دافعا لمن برز قثم بن العباس ثم في سنة سبع وثلاثين سهل بن حنيف ثم عزله واستخلصه لنفسه وولاها تمام بن العباس ثم عزله وولاها أبو أيوب الأنصاري ثم شخص نحو علي واستخلف عليها رجلا من الأنصار فلم يزل عليها حتى قتل علي.
وكذا ولى علي حين خرج يريد البصرة تميم بن عبد عمر وأبا حسن المازني ولما ترك الخلافة ابنه الحسن لمعاوية بن أبي سفيان رضي الله عنهما كان أبو هريرة في أثناء الفتنة يصلي بالناس حين جاء جارية بن قدامة واستعمل معاوية على المدينة مروان بن الحكم بن أمية ثمان سنين وشهرين ثم عزله واستعمل في أحد الربيعين سنة تسع وأربعين سعيد بن العاص وكان على قضائها في أيام مروان عبد الله بن نوفل بن الحارث فعزله سعيد حين استقر بأبي سلمة بن عبد الرحمن بل قيل إن ابن نوفل كان قاضيا زمن معاوية وإنه أول قاض كان بالمدينة من التابعين وتكررت ولاية معاوية لسعيد بن العاص في الإمرة وكذا استعمل معاوية أبا هريرة غير مرة وكان إذا غضب عليه يبعث مروان بحيث وليها أيضا غير مرة ومن جملتها في سنة أربع وخمسين واستعمل معاوية أيضا عبد الملك بن مروان وهو ابن ست عشرة سنة وحج سنة خمس وسبعين وعزل معاوية مروان في سنة سبع وخمسين.
واستعمل ابن أخيه الوليد بن عتبة بن أبي سفيان وكان في سنة تسع وخمسين واليها فأبقاه يزيد بن معاوية حين خلف أباه في سنة ستين بل كان العامل فيها عليها وعلى مكة معا عمرو بن سعيد بن العاص الأشدق ودخل المدينة في رمضان وكان بشر بن أرطاة من شيعة معاوية وولي الحجاز واليمن وهدم بالمدينة دورا كثيرة وصعد المنبر فتكلم بمنكر.
ولما فرغ مسلم بن عقبة من قتال أهل المدينة استعمل عليها روح بن زنباع الجذامي وقيل عمر بن محرز الأشجعي واستعمل أبا يزيد أو غيره ممن هو أقرب على