في المحكمة الشرعية في سنة ١٩٢١، ثم رئيسا للمحكمة العليا في ١١ من ديسمبر سنة ١٩٢٣.
وفي الثاني والعشرين من شهر مايو سنة ١٩٢٨ عين "المراغي" شيخا للجامع الأزهر، فجد في إصلاح الأزهر ورعاية شئونه، والنهوض به إلى المستوى الذي كان أستاذه الإمام ينشده له، ويجهد في سبيله فلم يمض عام حتى هيأ قانون الأزهر الذي جعل من التعلم العالي كليات ثلاثا، وشرع نظام التخصص الجديد، فجعل منه تخصص المادة وتخصص المهنة، ولكن اختلافا في الرأي يقف هذا القانون، ويستقيل صاحبه في العاشر من أكتوبر سنة ١٩٢٩، ويتولى حضرة صاحب الفضيلة المغفور له الشيخ "محمد الأحمدي الظواهري" مشيخة الأزهر، فتنشأ الكليات ويمضي الشيخ في طريقه بأسلوبه، ولكن أحداثا تثور وفتنا تصطلي، وينتقض الأمر عل الشيخ فيؤثر الاستقالة ليمهد للشيخ المراغي العودة إلى الأزهر ليتم من الإصلاح ما بدأه، وكانت عودته إلى المشيخة للمرة الثانية في السابع والعشرين من شهر أبريل سنة ١٩٣٥، ويظل الشيخ ناهضًا بأمل الأزهر مجاهدا في سبيل إصلاحه حتى يستأثر الله به في الرابع عشر من شهر رمضان سنة ١٣٦٤هـ، الموافق ٢٢ من أغسطس سنة ١٩٤٥ بلل الله ثراه.
الأزهر في عهده:
طفر الشيخ "المراغي" بالأزهر طفرة واثبة، ومضى به بعزم جبار إلى النهوض ومسايرة الحياة، وكان له من الملك السابق أكرم رعاية، وأسبغ عطف لقد اتسم عهد "المراغي" بالنشاط الثقافي، وتوغل شبابه في شئون الحياة المختلفة، وتهيأت لهم أسباب الاجتماع، وكانوا من قبل في عزلة وانقباض، وكان "الشيخ المراغي" أول من أغدق على مدرسي الأزهر، فأكرم حياتهم بالمرتبات بعد أن كانت سبب ضعفهم وانخذالهم.
كانت تلك البعثة في عهد الظواهري، وعن طريق وزارة المعارف.