٢- شرح مقامات بديع الزمان الهمزاني:
احتفل الإمام بهذا الكتاب، فوضع غامضة وفسر مبهمة، وأخرجه للناس جم النفع قريب الفائدة، وهو مطبوع في بيروت "١٣٠٦هـ-١٨٨٩م"، ولم يعرف لغيره شرح لهذه المقامات.
٣- رسالة الرد على الدهريين:
كتبها بالفارسية "السيد جمال الدين الأفغاني"، ثم ترجمها الإمام إلى العربية بمساعدة "عارف أفندي أبي تواب" أحد أصدقائه من الأفغانيين، وقد طبعت للمرة الأولى في بيروت سنة ١٣١٣هـ -وطبعت للمرة الثانية في القاهرة "١٣١٢هـ-١٨٩٥م"، ثم تكرر طبعها وكان آخره سنة ١٣٤٤هـ-١٩٢٥م.
٤- الإسلام والرد على منتقديه:
وهو سلسلة مقالات نشرها في صحيفة "المؤيد" سنة ١٩٠٠ يرد بها على "المسيو هانوتو"، أحد وزراء خارجية فرنسا السابقين التي نشرها في صحيفة "دي باري"، وقد ترجمها إلى الفرنسية، وطبعة مرة ثانية بالعربية بعد أن أضيفت إليها مقالات أخرى للإمام، وذلك في سنة ١٣٢٧هـ ١٩٠٩م، وطبعت غير مرة، وكان آخر طبعها في سنة ١٣٤٣هـ ١٩٢٤م.
٥- الإسلام والنصرانية:
مجموعة مقالات ظهرت في "الأهرام" سنة ١٩٠١ردا على ما كان يكتبه "فرج أنطون" في مجلة الجامعة، ثم طبعت في القاهرة "١٣٢٠هـ ١٩٠٢م"، وصدرت الطبعة الثالثة سنة "١٣٤١هـ-١٩٢٢م".
٦- تاريخ إسماعيل باشا:
لم نر هذا الكتاب، ولكن "السيد رشيد رضا" الذي لم يره أيضا يذكر