ابن جعفر بمكة ودعا إلى نفسه ، ودعي بأمير المؤمنين وبويع له بالخلافة ، دخل عليه الرضا عليه‌السلام وأنا معه فقال : يا عم لا تكذب أباك ولا أخاك ، فإن هذا الأمر لا يتم ثم خرج وخرجت معه إلى المدينة ، فلم يلبث إلا قليلا حتى قدم الجلودي فلقيه فهزمه ، ثم استأمن إليه فلبس السواد وصعد المنبر فخلع نفسه وقال : إن هذا الأمر للمأمون وليس لي فيه حق ثم أخرج إلى خراسان ومات بجرجان ، وفي كشف الغمة فمات بمرو.

وروى الصدوق أيضا بإسناده عن عمير بن بريد قال : كنت عند الرضا عليه‌السلام فذكر محمد بن جعفر فقال : إني جعلت على نفسي أن لا يظلني وإياه سقف بيت ، فقلت في نفسي : هذا يأمرنا بالبر والصلة ويقول هذا لعمه؟ فقال : هذا من البر والصلة إنه متى يأتيني ويدخل علي ويقول في فيصدقه الناس ، وإذا لم يدخل علي ولم أدخل عليه لم يقبل قوله إذا قال.

وقال في الكامل في حوادث سنة المائتين : في هذه السنة في المحرم نزع الحسن بن الحسن كسوة الكعبة وكساها أخرى وأنفذها أبو السرايا من الكوفة من القز وأخذ ما على الأساطين من الذهب وأخذ ما في خزانة الكعبة فقسمه مع كسوتها على أصحابه وأتى هو وأصحابه إلى محمد بن جعفر بن محمد بن علي بن الحسين ، وكان شيخا محببا للناس مفارقا لما عليه كثير من أهل بيته من قبح السيرة ، وكان يروي العلم عن أبيه جعفر عليه‌السلام ، وكان الناس يكتبون عنه ، وكان يظهر زهدا فلما أتوه قالوا له : تعلم منزلتك من الناس فهلم نبايعك بالخلافة فإن فعلت لم يختلف عليك رجلان ، فامتنع من ذلك فلم يزل به ابنه علي والحسن بن الحسن الأفطس حتى غلباه على رأيه وأجابهم وأقاموه في ربيع الأول فبايعوه بالخلافة ، وجمعوا الناس فبايعوه طوعا أو كرها وسموه أمير المؤمنين ، فبقي شهورا وليس له من الأمر شيء ، وابنه علي والحسن وجماعتهم أسوأ ما كانوا سيرة وأقبح فعلا ، فوثب حسن بن حسن على امرأة