أصبح الصباح وغدا عمال خيبر خارجين إلى مزارعهم ورأوا جيش المسلمين صاحوا يقولون: محمد والجيش معه، وولوا الأدبار، فقال رسول الله -صلى الله عليه وسلم-: "خربت خيبر، إنا إذا نزلنا بساحة قوم، فساء صباح المنذرين" ثم انتظم جيش المسلمين، ووقف أمام الحصون بكامل معداته ينتظر أمر قائده.
أما اليهود فقد أشار عليهم سلام بن مشكم بجمع أموالهم وعيالهم في حصن الكتيبة وحشد المقاتلة في حصن نطاة الحصين، ودخل عليهم يحثهم ويحرضهم على القتال والصبر.
وقد أمر النبي -صلى الله عليه وسلم- بقطع النخيل المحيط بحصن النطاة، لأن كثرته تحول دون تحركات القوات العسكرية، فخرج اليهود للقائهم واستماتوا في الدفاع عن حصونهم، لأن في هزيمتهم القضاء الأخير على بني إسرائيل في بلاد العرب، وانتهى اليوم الأول ولم ينل أحد من الطرفين نصرًا نهائيًّا، واستؤنف القتال في الغداة واستمر ثلاثة أيام واليهود يحاربون أمام حصونهم، فزعين من الحرب في الميدان، فإذا انهزموا عادوا إليها وأغلقوها دونهم، وفي اليوم السادس، قال رسول الله -صلى الله عليه وسلم-: "لأعطين الراية غدًا لرجل يحب الله ورسوله ويحبه الله ورسوله" وأخذ كل من الصحابة يتمنى أن تكون الراية من نصيبه، وفي الغد بعث إلى علي بن أبي طالب وسلمه الراية.
وتقدم علي -رضي الله عنه- فلما قرب من حصن الناعم خرج إليه أهله، ودارت رحى معركة هائلة قتل فيها قائد الحصن الحارث بن أبي زينب فتولى بعده أخوه مرحب وهو من أبطال اليهود، وخرج يرتجز ويقول:
قد علمت خيبر أني مرحب ... شاكي السلاح بطلٌ مجرب