وواضح من تصفح مخطوطة الاسكوريال ومن مقارنتها بمخطوطة سوهاج أنه كان بين يدى ناسخها المخطوطة الكاملة، وأنه أراد أن ينسخ لنفسه نسخة مختصرة، مما دفعه إلى أن يحذف كثيرا من تعليقات ابن سعيد، وأن يورد النصوص فى بعض الأحيان بعد أن يحذف اسم صاحبها، كما جعله يتصرف تصرفا مشينا بالنص، فيحذف جملا من وسط المقطوعات الشعرية التى حدد ابن سعيد فى عنوان الخميلة عدد أبياتها مما جعل عدد الأبيات لايتفق مع ما هو منصوص عليه فى عنوان الخميلة «١» .
ويظهر أن الناسخ لم يكن مهتما بفنى «المواليا» و «كان وكان» فحذف قسما كبيرا مما جاء فى المخطوطة الأصلية التى ينقل عنها «٢» وتبدأ لوحات المخطوطة برقم «١٠٨» وتنتهى برقم «١٥٥» بترقيم الاسكوريال أى أنها تقع فى ٤٧ لوحة، وكل لوحة صفحتان، ويرجع سبب بدايتها برقم «١٠٨» أن اللوحات السابقة على هذا الرقم هى مخطوطة كتاب «السحر والشعر» للسان الدين بن الخطيب «٣» » .
وقد فقدت المخطوطة الثلث الأول منها، إذ تبدأ من الطبقة الثالثة المشتملة على الحكايات القصيرة «٤» والغريب أن ترتيب الخمائل فيها يختلف عن ترتيب الخمائل فى مخطوطة سوهاج على الرغم من أن المقدمة التى قدم بها ابن سعيد لكتابه تشتمل على منهجه فى التأليف وعلى ترتيب لخمائله وهذا الترتيب متفق مع نظام مخطوطة سوهاج، وغير متفق مع مخطوطة الاسكوريال. وهذا يدل على أن ناسخ هذه المخطوطة لم يكن بين يديه مقدمة الأصل كى يرتب الخمائل ترتيبا صحيحا، أو أن عوامل أخرى طرأت على المخطوطة بعد نسخها أدت إلى هذا الخلل فى ترتيب خمائلها وضياع الثلث الأول منها.