توفي عبد الله بن جعفر سنة ثمانين وهو عام الجحاف - سيل كان ببطن مكة جحف الحاج، وذهب بالإبل وعليها الحمولة - وكان الوالي يومئذ أبان بن عثمان في خلافة عبد الملك بن مروان وكان عمر عبد الله بن جعفر تسعين سنة. وحمل أبان السرير بين العمودين فما فارقه حتى وضعه بالبقيع، ودموعه تسيل وهو يقول: كنت، والله خيراً لا شر شققن الجيوب، والناس يزدحمون على سريره.
وقيل: توفي عبد الله سنة ست وثمانين.
وقيل: إنه كان يوم توفي سيدنا رسول الله صَلَّى اللهُ عَلَيْهِ وَسَلَّمَ ابن عشر سنين.
وقيل: إنه ولد في السنة التي توفي فيها سيدنا رسول الله صَلَّى اللهُ عَلَيْهِ وَسَلَّمَ.
وقيل: سنة أربع أو خمس وثمانين وهو ابن ثمانين سنة.
قال: وهذا أشبه بالصواب.
وقيل: إن عبد الله بن جعفر توفي سنة تسعين وهو ابن تسعين.
قال هشام بن سليمان المخزومي: أجمع أهل الحجاز وأهل البصرة وأهل الكوفة أنهم لم يسمعوا بيتين أحسن من بيتين رأوهما على قبر عبد الله بن جعفر بن أبي طالب:
مقيم إلى أن يبعث الله خلقه ... لقاؤك لا يرجى وأنت قريب
تزيد بلى في كل يوم وليلة ... وتنسى كما تبلى وأنت حبيب