الخروج والدعوة للقضية
وغداة عزم الثعالبي على السفر إلى خارج بلاده لنشر القضية التونسية منعته السلطة الفرنسية من ذلك ليفر إلى طرابلس، ثم يغادرها إلى بني غازي ثم قصد الآستانة عن طريق اليونان وبلغاريا عام ١٨٩٨م، ثم غادر الآستانة إلى مصر للمرة الأولى، حيث اجتمع بأقطابها وطالب بفتح أبواب المدرسة الحربية العثمانية في وجه الطلاب التونسيين؛ وذلك لتخريج طائفة من الشباب تكون مؤهلة لقيادة الثورة.
إثر ذلك عاد إلى تونس عام ١٩٠٢؛ ليعكف على نشر الدعوة إلى الإصلاح الاجتماعي، وتحرير العقل، ونبذ الجمود وطاف بالبلاد التونسية لهذه الغاية يلقي دروسا عامة على الناس الذين التفوا حوله وآمنوا بفكرته.
غير أن الأمر لم يتم له على النحو الذي أراده وسرعان ما وجدت الإدارة الفرنسية في حركته خطرا عليها ليواجه مقاومة شديدة من الحكومة التونسية والسلطة الفرنسية انتهت باعتقاله وسجنه؛ الأمر الذي أحدث ضجة كبيرة قادت إلى إجبار الحكومة الفرنسية إلى إطلاقه سراحه.
روح التحرر في القرآن
ولم يقتصر خصومه على الاستعمار، بل على بعض الاتجاهات الإسلامية التي وبمجرد مغادرته السجن عمل على تأليف كتاب للرد على خصومه وإظهار الدين الإسلامي الحنيف في مظهر الدين المقام على أسس الحرية والعدالة والتسامح، وإقامة الدليل على أن الإسلام في شكله الصحيح لا يتنافى مع المدنية الحديثة ولا يعوق التقدم. ورأى أنه من الأصلح إصدار ذلك الكتاب باللغة الفرنسية في باريس ليضمن له رواجا أكبر ويتجنب خصومه من أهله.
وقد صدر الكتاب بباريس سنة ١٩٠٥م بعنوان "روح التحرر في القرآن" وقد تضمن ذلك الكتاب كثيرا من الأفكار الإصلاحية التي كانت رائجة وقتها، لا سيما منها المتعلقة بتحرير المرأة المسلمة، ومحاربة البدع، والتمسك بالكتاب والسنة، والدعوة إلى تخليص العقيدة الإسلامية مما اختلط بها من باطل مناف لروح التوحيد الخالص.
مشاركة سياسية فعّالة
في سنة ١٩٠٧م انضم الثعالبي إلى الحركة السياسية التي أنشأها الزعيم "علي باش حانبة" وأصبحت تعرف في الأوساط السياسية باسم "حركة الشباب التونسي"؛ لتأثرها في بعض نواحيها بحركة الشباب العثماني ومناصرتها لفكرة الجامعة الإسلامية. ثم كلّف الشيخ الثعالبي برئاسة تحرير النشرة العربية من جريدة "التونسي" الناطقة بلسان حركة الشباب التونسي.
وعندما أعلنت إيطاليا الحرب على ليبيا وأغارت على طرابلس عام ١٩١١م كان الثعالبي في مقدمة العاملين لمساعدة المجاهدين وإرسال البعثات الطبية، وقد نقم عليه الفرنسيون ذلك فقبضوا عليه وأخرجوه من تونس فسافر إلى مرسيليا وباريس داعيا إلى حرية تونس.
وإثر ذلك حاول الفرنسيون إغراءه مقترحين تقليده منصبا علميا على أن ينصرف عن السياسة، فرفض وسافر إلى سويسرا ومنها إلى ألمانيا فتركيا ثم رحل إلى الشرق وعاد إلى تونس عام ١٩١٣م.
بعد الحرب العالمية الأولى دعا إلى عقد مؤتمر لحل قضية تونس واختير زعيما بالإجماع، ثم سافر إلى باريس للدفاع عن قضية بلاده أمام مؤتمر الصلح. وتمثل نشاطه منذ وصوله إلى باريس في إلقاء المحاضرات والخطب ونشر المقالات في الصحف الفرنسية المناصرة لقضايا الشعوب المولى عليها، والاتصال بقادة الأحزاب السياسية ورؤساء الجمعيات الثقافية والمنظمات الإنسانية.