وفي مدة إقامته وصلت خوانة من عدن وكان وصولها يوم الخامس عشر من صفر المذكور.
وفي اليوم الثامن والعشرين من صفر توفي الفقيه الصالح تقي الدين عمر بن مظفر وكان وفاته في مدينة زبيد وقبر في مقبرة باب القريب عند قبر الفقيه أبي بكر الحداد وكان رجلاً عالماً صالحاً باذلاً نفسه لطلبة العلم في سبيل الله عرض عليه التدريس في عدة مواضع فكره الأسباب كلها ولم يعلق بشيء منها رحمة الله وأعاد علينا من بركاته.
وفي تاريخ وفاته تماماً حصل على السلطان ألم شديد أشد من الأول فأقام أياماً ينتقل من موضع إلى موضع فلم يجد راحة فعزم على الطلوع إلى تعز فتقدم يوم الخميس الثاني من ربيع الأول فأقام في حيس أياماً بسبب الألم الذي يجسده ثم سار إلى تعز فكان دخوله تعز ليلة الأربعاء الثامن من ربيع الأول المذكور فأقام في دار الوعد عشرة أيام مريضاً ثم توفي إلى رحمة ربه في ليلة السبت الثامن عشر من الشهر المذكور رحمه الله تعالى. قال علي ابن الحسن الخزرجي أخبرني القاضي موفق الدين علي بن أبي بكر الناشري قال توليت غسله بوصية منه وأعانني على ذلك الفقيه جمال الدين محمد بن صالح الدمتي وبعده الفقيه موفق الدين علي بن محمد فخر وشاهدت عليه من جلال والبهجة والنور ما ينشرح له الصدر وبالغت في تنظيفه وتطهيره وهو نظيف طاهر حتى بلغت به أكمل الفرض والسنة وكفنته بالثياب البياض وطيبته بالمسك والكافور ونزلت به إلى مدفنه وحليت عنه الرباط والصقت خده بالتراب ووجهته إلى القبلة الشريفة وودعته وعوت له رحمه الله تعالى.
وكان تشييعه إلى تربته والصلاة عليه يوم السبت المذكور فيما بين صلاة الظهر والعصر ودفن رحمه الله تعالى في مدرسة الأشرفية التي أنشأها في ناحية عدينة واستمرت القراءة عليه سبعة أيام وصلى عليه في سائر مدن اليمن وقرئ عليه في كل مدينة سبعة أيام وأصاب كافة الناس عليه أسف شديد.
وكان رحمه الله خير ملك وسيرته سيرة جواداً كريماً هماماً حليماً رحيماً