كانت وفاة شيخنا الأعظم الشهيد الأكرم أعني شمس الدين محمد بن مكي قدس سره وفي حظيرة القدس سره تاسع جمادى الأولى سنة ست وثمانين وسبعمائة، قتل بالسيف ثم صلب ثم رجم ثم أحرق ببلدة دمشق، لعن الله الفاعلين لذلك والراضين به في دولة بيدمر وسلطنة برقوق بفتوى المالكي يسمى برهان الدين وعباد بن جماعة الشافعي، وتعصب عليه في ذلك جماعة كثيرة بعد أن حبس في القلعة الدمشقية سنة كاملة.
وكان سبب حبسه أن وشى به تقى الدين الخيامي بعد جنونه وظهور أمارة الارتداد منه أنه كان عاملا ثم بعد وفات هذا الواشي قام على طريقته شخص اسمه يوسف بن يحيى وارتد عن مذهب الإمامية وكتب محضرا شنع فيه على الشيخ شمس الدين محمد بن مكي ما قالته الشيعة ومعتقداتهم، وأنه كان أفتى بها الشيخ ابن مكي وكتب في ذلك المحضر سبعون نفسا من أهل الجبل ممن يقول بالإمامة والتشيع، وارتدوا عن ذلك، وكتبوا خطوطهم تعصبا مع يوسف بن يحيى في هذا الشأن وكتب في هذا ما يزيد على الألف من أهل السواحل من المتسنين وأثبتوا ذلك عند قاضي بيروت، و قيل قاضي صيدا، وأتوا بالمحضر إلى القاضي ابن جماعة لعنه الله بدمشق فنفذه إلى القاضي المالكي وقال له: تحكم فيه بمذهبك، وإلا عزلتك.
فجمع ملك الامراء بيدمر لعنه الله القضاء والشيوخ لعنهم الله جميعا وأحضروا الشيخ رحمه الله وأحضروا المختصر وقرئ عليه، فأنكر ذلك وذكر أنه غير معتقد له مراعيا للتقية الواجبة، فلم يقبل ذلك منه، وقيل له: قد ثبت ذلك شرعا ولا ينتقض حكم القاضي.
فقال الشيخ للقاضي ابن جماعة: إني شافعي المذهب وأنت إمام المذهب و قاضيه، فاحكم في بمذهبك، وإنما قال الشيخ ذلك لان الشافعي يجوز توبة المرتد عنده، فقال ابن جماعة: حينئذ على مذهبي يجب حبسك سنة كاملة، ثم استتابتك أما الحبس فقد حبست ولكن أنت استغفر الله حتى أحكم باسلامك، فقال الشيخ: ما فعلت ما يوجب الاستغفار خوفا من أن يستغفر فيثبتوا عليه الذنب، فاستغلطه ابن جماعة لعنه الله