منه فلم يفعل، فسار نحوه إلى نيسابور فلما قرب منها وأراد دخولها وجّه إليه محمد بن طاهر يستأذنه في تلقّيه، فلم يأذن له فبعث بعمومته وأهل بيته فتلقوه، ودخل نيسابور وأرسل إلى الخليفة يذكر تفريط محمد بن طاهر في عمله، وأن أهل خراسان سألوه المصير إليهم، ويذكر غلبة العلويين على طبرستان وبالغ في هذا المعنى، فأنكر عليه ذلك وأمره بالاقتصار على ما أسند إليه، وألا يسلك معه مسلك المخالفين. وقيل بل كان سبب ذلك أنّه كتب إلى محمد يعلمه أنّه على قصد طبرستان، ليمضى ما أمره به الخليفة في الحسن بن زيد العلوى المتغلّب عليها، وأنّه لا يتعرض إلى شىء من عمله ولا إلى شىء من أسبابه، وكان بعض خاصّة محمد وأهله لمّا رأوا إدبار أمره مالوا إلى يعقوب، وكاتبوه واستدعوه وهوّنوا على محمد أمر يعقوب، وأعلموه أنّه لا خوف عليه منه وثبّطوه عن التحرّز منه، فركن محمد إلى قولهم حتى قرب يعقوب من نيسابور، فوجّه إليه قائدا من قوّاده بطيّب قلبه، وأمره بمنعه عن الانتزاح من نيسابور إن أراد ذلك، ثم وصل يعقوب إلى نيسابور في رابع شوّال، وأرسل أخاه عمرو بن الليث إلى محمد بن طاهر فأحضره عنده، فقبض عليه وقيّده وعنّفه على إهماله أمر عمله وعجزه عن حفظه، ثم قبض على جميع أهله، وكانوا نحوا من مائة وستين رجلا، وحملهم إلى سجستان واستولى على خراسان، ورتّب نوّابه في الأعمال، وكانت ولاية محمد بن طاهر خراسان إحدى عشرة سنة وشهرين وعشرة أيام.