وفي سنة اثنتين وتسعين ومائة سار الرشيد من الرقة إلى بغداد يريد خراسان لحرب رافع بن الليث وكان ظهر ببلاد ما وراء النهر مخالفا للرشيد بسمرقند. ولما صار الخليفة ببعض الطريق ابتدأت به العلة ولما بلغ جرجان في صفر اشتد مرضه وكان معه ابنه المأمون في مسيره إلى مرو ومعه جماعة من القواد وسار الرشيد إلى طوس فمات ودفن بها سنة ثلاث وتسعين ومائة. وكانت خلافته ثلاثا وعشرين سنة. وكان عمره سبعا وأربعين سنة وكان جميلا أبيض جعدا قد وخطه الشيب. قال النهر والي: أعلم أن مما يتحققه العاقل أن الدنيا دار الأكدار وأن