على العرش، وتم اختياره فعلًا ولكنه كان طوال حياة عمته حتشبسوت "وزوجة أبيه" مجرد شريك لا نفوذ له في الحكم؛ بينما وضعت حتشبسوت كل مقاليد الأمور في يدها ثم أصبحت هي كل شيء, ولم يرد له ذكر إلى أن ماتت وانفرد هو بالحكم.
والظاهر أن الحرب كانت عنيفة بين حتشبسوت وزوجها تحتمس الثاني ثم بينها وبين ابن زوجها تحتمس الثالث؛ حتى إنها لجأت إلى اختراع القصص التي تشير إلى حقها المقدس في الملك, مع أن حكم الملكات في مصر والشرق القديم لم يكن مستساغًا بصفة عامة، ووصلت في ذلك إلى أبعد مدى فنقشت مناظر تفصيلية على جدران معبد الدير البحري الذي شيدته في البر الغربي لطيبة "الأقصر" تمثل فيها قصة مولدها التي ادعت فيها بأنها ليست ابنه تحتمس الأول بل ابنة الإله آمون نفسه الذي تشكل في صورة أبيها وأنجبها من صلبه, كما بينت في بعض هذه المناظر أن أباها تحتمس الأول بايعها بالملك في حياته, وأن كبار الكهنة وكبار رجال الدولة قد وافقوه على ذلك, أي أن كلًّا من تحتمس الثاني وتحتمس الثالث كانا طبقًا لتلك النقوش مغتصبين لحقها المشروع, أو على الأقل لم يكن حكمهما شرعيًّا كحكمها.
ومن المرجح أن هذه الفكرة كانت بإيحاء من أنصارها؛ حيث يبدو أنها تمكنت من أن تحيط نفسها بحاشية من الرجال الأقوياء الذين تمكنت بفضلهم من الاستمرار صاحبة السلطة في البلاد، ومن أهم هؤلاء المهندس "سنموت" الذي أشرف على تربية ابنتها "نفرورع" التي كانت تعدها لأن تخلفها على العرش؛ ولكنها ماتت وهي صغيرة.
ومهما كان الأمر فإن عهدها كان عهد رخاء وطمأنينة، ولا جدال في أنها كانت قديرة في الحكم استطاعت أن توجه نشاط الدولة إلى التجارة والأعمال الإنشائية؛ إذ أرسلت حملة إلى بلاد بونت جلبت البخور وأشجار المر