دعاؤه الجامع لوسائل الخير:
" اللهم؛ املأ قلبي حبا لك، وخشية منك، وتصديقا وإيمانا بك، وفرجا منك، وشوقا إليك، يا ذا الجلال والإكرام، اللهم؛ حبب إلي لقاءك، واجعل لي في لقائك خير الرحمة والبركة، وألحقني بالصالحين، ولا تخزني مع الأشرار، وألحقني بصالح من مضى، واجعلني من صالح من بقي، وخذ بي في سبيل الصالحين، وأعني على نفسي بما تعين به الصالحين على أنفسهم، ولا تردني في سوء استنقذتني منه يا رب العالمين، أسألك إيمانا لا أجل له دون لقائك، تحييني وتميتني عليه، وتبعثني عليه إذا بعثتني، وأبرئ قلبي من الرياء والسمعة والشك في دينك ".
دعاؤه الفلسفي الذي علمه لجابر:
" اللهم؛ أنت، أنت، يا من هو هو، يا من لا يعلم ما هو إلا هو. اللهم؛ أنت خالق الكل. اللهم؛ أنت خالق العقل. اللهم؛ أنت واهب النفس الإنسانية. اللهم؛ أنت خالق العلة. اللهم؛ أنت خالق الروح. اللهم؛ أنت قبل الزمان والمكان، وخالقهما. اللهم؛ أنت فاعل الخلق بالحركة والسكون وخالقهما.
اللهم؛ إني قصدتك، فتفضل علي بموهبة العقل الرصين، وإرشادي في مسلكي إلى الصراط المستقيم.
اللهم؛ بك؛ فلا شيء أعظم منك، نور قلبي، وأوضح لي سبيل القصد إلى مرضاتك.
اللهم؛ إني قصدتك، ونازعتني نفسي: نفسي النفسانية، نازعتني إليك، ونفسي الحيوانية، نازعتني إلى طلب الدنيا.
اللهم؛ فيك، لا أعظم منك، يا فاعل الكل؛ صل على محمد عبدك ورسولك،

(٦١١)