میرزا عبدالله اصفهانی بخش مهمی از درس‌های نخستین حوزوی را از برادرش فرا گرفت. از ظاهر ریاض العلماء پیداست که وی درس‌های مقدماتی حوزه را در اصفهان از برادرش فرا گرفته است، لیکن در زهرالریاض آمده است: آن‌گاه که میرزا جعفر در تبریز به سر می‌برده، برادرش میرزا عبدالله بدان جا کوچ کرد و مراتب مقدماتی را از او آموخته است و در خلال این مدت، به درس دیگر اساتیدی که در مراتب مختلفی مهارت داشته بودند، حضور پیدا می‌کرده و با جدّیت تمام به اخذ علوم معموله می‌پرداخته است تا در نتیجه شایستگی، بتواند حاضر بشود. (زهرالریاض، آیت الله مرعشی، ص ١١).

همان گونه ‌که خودش می‌گوید: از آن پس که مقدمات تحصیلی را فرا گرفتم، تصمیم گرفتم تا دروس بالاتر را بیاموزم، بدین منظور، حداکثر کتب اربعه حدیث (کافی، من لایحضره الفقیه، تهذیب و استبصار) و قواعد علامه حلی را از محضر استاد استفاده کرده و بخشی از تهذیب شیخ طوسی و شرح اشارات و مقداری از الهیات شفا و امثال آن را از استاد فاضل رضی الله عنه و از علامه میرزا علی نواب فرزند سیّد جلیل خلیفه سلطان که شیخ اجازه‌اش هم بوده است و بخشی از حاشیه قدیم ملا جلال را که بر شرح تجرید نوشته و مقداری از شرح اشارات را از استاد محقق قدس الله روحه و بخشی از تهذیب و شرح مختصرالاصول و شرح اشارات و اصول کافی و دیگر کتاب‌های متداول را از استاد علامه فرا گرفته و آموختم. (مقدمه ترجمه ریاض العلماء، ج١، ص٧).

در روضات آمده است: افندی از جمله (شاگردان و) فضلای علامه مجلسی بوده است و از مجلسی و مدرس او دوری نمی‌کرده و خازن کتب او بوده است و خود مجلسی در عنوان نامه‌ای که افندی به او نوشته، از وی تعبیر به"بعض الازکیاء من تلامذتنا" کرده است (همان، ص٨).

آقا جمال الدین خوانساری (فرزند آقا حسین خوانساری، مؤلف تعلیقه مشهور بر شرح لمعه)، ملا محمد مشهور به فاضل هندی، مؤلف کشف اللثام) و امیر خلیل الله تونی اصفهانی نیز از استادان او هستند.

مشایخ اجازات و روایات افندی زیادند. بعضی از آنها جزو استادان او می‌باشند که پیش از این، نام برده شدند، دیگر مشایخ او عبارتند از: