در اهمیت این اثر همین بس که این رساله یکی از بهترین و دقیق‌ترین رسائل در علوم کلام الهی شمرده شده است. و آنچه بر اهمیت و زیبایی این رساله می‌افزاید تسلط میرزا رفیعا بر کلام، فلسفه، قرآن، احادیث و تفسیر است که آن دشواری را هموار و جایگاه این رساله را در بیان مسائل اعتقادی شیعه، تبیین می‌کند.

میرزا رفیعا ضمن بحث‌های گوناگونی که در روشن شدن موازین اعتقادی مطرح کرده، خود به طرح سؤالاتی که احیاناً ممکن است از سوی مخالفان صورت گیرد پرداخته و جواب قانع کننده‌ای ارائه داده است، وی ضمن اثبات برخی مفاهیم اعتقادی، نظرات فِرق و پیروان نحله‌های گوناگون را مورد بررسی قرار می‌دهد و در پایان نظر خویش را اعلام می‌کند.

گفتنی است؛ این متکلم شیعی و دانشمند عصر صفوی خلاصه‌ای از شجره الهیه را تحت عنوان " ثمره شجره الهیه " در یک مقدمه و پنج مقصد و خاتمه تنظیم کرده است، وی در معرفی آن می‌نویسد:

بنده قلیل البضاعه کثیر المعاصی، رفیع الدین محمد الحسینی الطباطبایی به این رساله مختصره در تبیین معارف ضروریه دینیه که" ثمره شجره حکمت سنیه" است. مجلساً فروز خواطر خطیره برادران طریقت اسلامی و