وی از سادات طباطبا به شمار می‌رود، که مقارن با سومین سال سلطنت شاه‌ عباس اول دیده به جهان گشود و به سال ١٠٨٣ق، پس از ٨٥ سال عمر با برکت در اصفهان ، قبرستان تخت فولاد مدفون گشت.

فرزندان و احفاد این دانشور سترگ، اغلب اهل علم و از پویندگان طریق معرفت و حکمت بوده‌اند.

میرزا رفیع، دانشمندی با فکری ژرف، فهمی دقیق و نکته‌ سنج بوده و تراجم‌نویسان و شرح حال نگارانی که درباره‌ی وی دست به قلم برده‌اند از او به بزرگی، تبحر در علوم اسلامی، محققی ژرف‌اندیش و فاضلی نیکو خصال یاد نموده‌اند.

آثار علمی و قلمی این نامدار جهان تشیّع، شامل سه بخش؛ رسائل، شروح و حواشی هست که اکثر آنها به زبان عربی و در موضوعات، فقه، کلام، فلسفه، حدیث، منطق و اخلاق تألیف گشته است و برخی از تألیفات میرزا رفیعا، مانند اجوبه المسائل، شجره الهیه و. . . به زبان فارسی نگاشته شده است.

وی شجره الهیه را به نام شاه صفی( شاه سلیمان صفوی ) نوشته و در نهم ربیع الاول ١٤٠٧ق از آن فارغ گشته است.

این رساله یک دوره مختصر علم کلام شیعی با دلایل عقلی و برهانی و در عین حال مستند به آیات و روایات به زبان فارسی است. و متن اصلی آن دست نوشته میرزا است .

مؤلفین با استفاده از ٥٤ منبع عربی و فارسی به گونه‌ای منطقی و بر طبق دو متن از نسخ اصلی در هشت مطلب که هر مطلب از چند فصل تشکیل می‌شود، به تحقیق و تصحیح پرداختند :