در اصفهان از مجالس درس فقه سیّد محمد حسین خاتون آبادی، آخوند فشارکی و آقا سیّد علی نجف آبادی و نیز اصول شیخ محمد گلپایگانی بهره برد و منظومه سبزواری و بخش وافری از مطالب شفا و اسفار را از جهانگیر خان قشقایی فرا گرفت.

مدت اقامت او در اصفهان یازده سال به طول انجامید. وی علاوه بر تحصیل ؛ به تدریس،ریاضت و تهذیب نفس نیز پرداخت.

تونی در تهران از جلسه درس آقا میرزا هاشم اشکوری که مفتاح الغیب، فصوص و تمهید القواعد را در مدرسه سپهسالار شرح می‌داد، بهره‌ها برد و پس از اندک زمانی به کلی رحل اقامت افکند و مقیم تهران شد.

پس از سال‌ها فراگیری دانش و معرفت، در سال١٣١٢ در دانش سرای عالی تهران به تدریس مشغول شد. پس از سه سال تدریس در دانش سرا، در سال ١٣١٥ از سوی دانشکده ادبیات و علوم انسانی دانشگاه تهران به مقام استادی برگزیده گردید و به تدریس زبان و ادبیات عرب و فلسفه قدیم پرداخت. او از سوی بزرگانی همچون سیّد حسن اصفهانی و سیّد ابوالقاسم کاشی اجازه تدریس در حوزه علوم معقول داشت و در دانشکده معقول و منقول ( الهیات و معارف اسلامی کنونی ) از بدو تاسیس شروع به تدریس کرد.

تونی پس از عمری تعلیم و تعلّم، سرانجام در سال ١٣٣٩ دار فانی را وداع می‌گوید و در قبرستان شیخان قم به خاک سپرده می‌شود.

او شاگردان بسیاری تربیت کرد که از آن میان، می‌توان به آیت الله حسن زاده آملی و آیت الله جوادی آملی اشاره کرد.

شایان ذکراست که آثار مکتوب فاضل تونی بسیار اندک و محدود به تعدادی دست نوشته و نیز جزوه ‌هایی است که برخی دانشجویان او مرقوم کرده‌اند.

مهم‌ترین آثار چاپ شده وی عبارتند از : جزوه صرف در سال ١٣١٥؛ تعلیقه بر شرح فصوص الحکم در سال ١٣١٦؛ الهیات در سال ١٣٣٣؛ حکمت قدیم؛ منطق؛ منتخب قرآن و نهج البلاغه؛ قسمت نحو کتاب‌های صرف و نحو و قرائت که کتاب‌های درسی سال‌های اول، دوم و سوم دبیرستان‌ها بوده‌اند؛ منتخب کلیله و دمنه عربی و وفیات‌الاعیان ابن خلکان با شرح و ایضاح لغات مشکل آن .

(نک : مقاله محمد حسین تونی، حکیم و عارف شریعت مدار، فیروزه ، صادق زاده دربان، کتاب ماه فلسفه، ش١٨، اسفند ١٣٨٧، ص١١) .