به همین دلیل آنها گاهی که عید مصادف با روز شنبه می‌شد، عید اعلام می‌کردند و این برای شیعیان امر را مشکل می‌کرد؛ آنها یا باید با آنها همراهی می‌کردند و در غیر این صورت، حج آنها ناتمام می‌ماند و آنها مُحِل نمی‌شدند. او از پدرش نقل می‌کند؛

که ملّا خلیل قزوینی به حج مشرّف شده و این مشکل مطرح شد؛ او از آنان پیروی نکرده و زمانی که رؤسای آنان متوجه شدند،حکم به قتل او کردند. ملّا خلیل در تنوری مخفی شده و به نقطه‌ای از حجاز رفت و تا موسم آینده در آنجا باقی ماند، در وقت آمدن به موسم، در قیافه هیزم کش و خارکن در میان قافله به مکه درآمده، حج انجام داد و برگشت.[١]

ملا خلیل پس از اقامت چند ساله در مکه به قزوین بازگشت و تا آخر عمر در این شهر مشغول تدریس و تصنیف بوده است.

وی در آخر عمر نابینا می‌گردد و در سال ١٠٨٩ق در سن هشتاد و هشت سالگی دار فانی را وداع می‌کند.[٢]

و بنا به وصیت خود در محل تدریسش (مدرسه خلیلا) قرار ابدی گرفت.[٣]

[١]. جعفریان، رسول، مجله میقات حج، ش ٤، سال ١٣٧٢، حجاج شیعی در دوره صفوی، ص ١١٧.

[٢]. صدر سیّد جوادی، احمد، فانی، کامران؛ خرمشاهی، بهاءالدین، دایره المعارف تشیع، ج٧، ص٢٤٨.

[٣]. این مدرسه تا آن روزگار محل حضور دانشمندانی نامی همچون فیض کاشانی، شیخ حر عاملی، ملا رفیعای واعظ، آقا رضی و . . . بوده و هم اکنون در اختیار بنیاد ایران شناسی شعبه استان قزوین قرار دارد.

بنای آرامگاه ملا خلیل در کتاب بناهای آرامگاهی (دائره المعارف بناهای تاریخی ایران در دوره اسلامی) چنین توصیف شده است: از محوّطه میدان محله آخوند، از کوچه‌ای که به طرف جنوب غربی می‌رود، به فاصله ٥٠- ٦٠ متر، به کوچه باریکی می‌توان رسید که به جانب غرب امتداد دارد.

در سر دو نبشی این کوچه، ورودی مقبره مرحوم مبرور مولا خلیلا متوفی سال ١٠٨٩ ق واقع شده است. این آرامگاه دارای دو درب بزرگ است و حیاط متوسطی با دیوار آجری دارد.

امروزه این محوطه هیچ گونه بنایی ندارد. در انتهای جنوبی حیاط، چند مزار دیده می‌شود که یکی آرامگاه مرحوم مولا خلیلا و سه قبر دیگر از آن فرزندان آن مرحوم به نام سلمان، احمد و ابوذر است. این محوّطه همان گونه که معلوم است، سابقاً مدرسه و جایگاه تدریس مرحوم مولا خلیلا بوده که اکنون بناهای آن از بین رفته است.(گلریز قزوینی، سید محمدعلی، مینو در یا باب الجنه قزوین، ج١، ص٧١٧).