پس از آن نزد مولی حاج محمود رنانی،زانوی ادب به زمین زده و مشغول فراگیری علم شده است. و سپس در مشهد مقدس نزد مولی حاجی حسین یزدی، حاشیه قدیم ملّا جلال دوانی را بر شرح تجرید قوشچی (موسوم به شرح جدید) قرائت نموده است. در این زمان با خلیفه سلطان (م١٠٦٤ق) هم درس بود.

یکی دیگر از اساتید ملّا خلیل، امیرابوالحسن قائنی مشهدی است. قزوینی در ایام اقامتش در مکه حواشی قائنی بر کتاب الکافی کلینی را جمع آوری و تدوین نموده است.[٤]

عالمان زیادی نزد ملّا خلیل قزوینی پیمانه علم و معرفت پر نموده و خوشه چین خرمن فضل و ادب وی شده‌اند که برخی از آنها عبارتند از :

١. امیر محمد مؤمن بن محمد زمان الطالقانی.

٢. ملامحمد باقر بن غازی قزوینی (برادرش).

[١]. اردبیلی، محمدعلی، جامع الرواه، ج١، ص٢٩٨.

[٢]. آقابزرگ تهرانی، محمدحسین، الذریعه، ج٢٢، ص٣٥١.

[٣]. افندی اصفهانی، همان، ج٢، ص٢٦٢.

[٤]. همان، ص٢٦٦.