یکی از مطالباتی که ایشان از دانشگاه ها و حوزه‌ها دارند، همین نهضت نرم افزاری علمی است، یعنی تولید علم و نواندیشی علمی در برابر تقلید و تحجر برای ساخت تمدن اسلامی.

ایشان فرمودند : ما باید در علومی که برای اداره یک جامعه و یک کشور لازم است، اعم از علوم انسانی، علوم اجتماعی، علوم سیاسی و علوم اقتصادی؛ به سمت نوآوری و نواندیشی برویم.

ما امروز در بخش عمده این علوم مقلدیم و از دنیای غرب عقب ماندیم، امروز معلومات کم نداریم، مقالات و ژورنال‌های علمی کم نداریم، این همه پایان نامه‌ها و کارهای تحقیقاتی و علمی که در انبارها و بایگانی‌ها انباشته شده، چقدر از این‌ها توانسته است، در صنعت،کشاورزی، عمران و آبادانی کشور نقش ایفا کند. مشکل این جاست، باید این ها را روش مند و بر اساس نیاز کشور بومی سازی کنیم. به این می‌گویند تولید علم، نه فقط اکتفا به ترجمه و فراگیری اندوخته‌های دیگران، نه اینکه فرا نگیریم، بلکه باید گرفت، ولی او را بر اساس فرهنگ و نیاز کشور بومی سازی کرد، امروز این یک خلأ بزرگ است.

رهنمود مکتبی امام علی علیه السلام در شرح نهج البلاغه ابن ابی الحدید ج٢٠ ص ٣١٩ را ببینید که فرمودند:

العلم سلطان من وَجَدَهُ صال و مَن لَم یجدهُ صیل علیه .

سلطان یعنی پادشاه، اقتدار، قدرت. علم اقتدار می آورد، هر کس این قدرت را به چنگ آورد می‌تواند تحکم کند، غلبه کند .

مقام معظم رهبری فرمودند: علم سلاح پیروزی ماست، ما باید این سلاح را بدست آوریم، علم برای ما یک امر حیاتی است، حقیقتاً کشوری که دستش از