المبین در حکمت الهی، الایقاظات فی خلق الاعمال و افعال العباد در کلام و فلسفه، الایماضات و التشریفات فی مسأله الحدوث و القدم (شامل مباحث کلامی و فلسفی)، برهان اسد و اخصر فارابی، تأویل المقطّعات فی اوائل السور القرآنیه(در تفسیر)، رساله تحقیق مفهوم الوجود، در حکمت و. . .

و همینطور نامه‌هایی به اسعدالدین محمد پادشاه روم؛ اعتمادالدوله عباسی، شریف مکّه و مولی عبدالله شوشتری.

همچنین میرداماد بر نوشته‌های خود حواشی بسیاری زده به طوری که در بعضی از آنها حواشی به اندازه اصل متن یا بیشتر از آن می‌باشد.[١]

از ویژگی‌های آثار میرداماد در حکمت، اسلوب بسیار دشوار آن است و دشواری سبک نگارش و اسلوب تألیف بر مشکل فهم مطلب افزوده است.

نقل شده است که ملا صدرا شاگرد میرداماد، وی را در خواب دید و از او سؤال کرد :

با این که مذهب من(در حکمت) از مذهب شما جدا نیست، چرا مردم مرا تکفیر کردند، اما شما را تکفیر نکردند؟

[١]. تنکابنی، همان، ص٣٣٣ ؛ افندی اصفهانی، همان، ج ٥، ص٤٠ ؛ حر عاملی، همان، ج٢، ص ٢٤٩ ؛ فهرست مشاهیر ایران، ج ٢، ص ٥٢٣.