سال بود که (محمد خدابنده) ولیعهد نابینای شاه طهماسب به امر شاه، هرات را ترک گفت و به حکومت شیراز منصوب شد و حکمروایی هرات را به پسر هشت ساله او حمزه میرزا سپرده شد. انتقال محمد خدابنده از هرات به شیراز به معنای روگردانی شاه از ولیعهد خویش و در واقع عزل وی از منصب ولایتعهدی بود.

در اثنای همین تحولات بود که شیخ عزالدین حسین عاملی پدر شیخ بهایی هرات را ترک گفته و به پایتخت یعنی قزوین بازگشت.

پس از مهاجرت وی، هرات دیگر اهمیت علمی خود را از دست داد. از همین رو میرداماد نیز باید هرات را در همین سال ها ترک گفته باشد.

مهاجرت به اصفهان

در سال ٩٨٤ ق شاه طهماسب (سلطنت از ٩٢٠ تا ٩٨٤) که به اجتناب از منهیّات و عمل به احکام شرعی سخت پایبند بود، درگذشت و پسرش شاه اسماعیل دوّم (سلطنت از ٩٨٤تا ٩٨٥) به سلطنت رسید.

رفتار و اعتقادات شاه اسماعیل دوم برخلاف پدرش بود. وی کسانی را که در زمان شاه طهماسب به زهد و پاکدامنی معروف بودند از خود راند . . . مطربان که در عهد شاه طهماسب به دلیل عدم اجتناب از منهیّات رانده شده بودند، دوباره در اردوی شاه جمع شدند.

آغاز سلطنت شاه اسماعیل دوم می‌تواند دلیلی برای مهاجرت علمای بزرگی همچون میرداماد و شیخ بهایی به اصفهان و دور شدن از دستگاه حکومت باشد. بخصوص آن که شیخ عزّالدین پدر شیخ بهائی و استاد آن دو عالم معاصر، در همین سال، پس از انجام حج، تصمیم به اقامت در بحرین گرفت و از مرکز حکومت(قزوین) دوری جست و در همان سال در آنجا رحلت کرد.