شیخ بهایی ابتدا در محضر والد بزرگوارش به آموختن علوم همت گماشته و علوم نقلی را، از قبیل صرف و نحو، حدیث و تفسیر، و بلکه مطابق صورت اجازه‌ای که پدرش برای وی نوشته، جمله کافیه‌ای از علوم عقلی را نیز از وی استفاده کرده است.

همچنین حکمت ،کلام و سایر علوم عقلی را از مولانا عبدالله مدرس یزدی (متوفای ٩٨١) صاحب حاشیه بر تهذیب منطق[١] و علوم ریاضی را از ملاعلی مذهب و از ملامحمد باقر بن زین العابدین یزدی، مؤلف کتاب مطالع الانوار در هیئت، که از ریاضی دانان عصر خود بوده است، و علم طب را از طبیب حاذق و ماهر حکیم عمادالدین فرا گرفته است.[٢]

همچنین از جمله استادان او شیخ احمد کجائی کهدمی معروف به پیر و احمد قزوینی و محمد بن ابی اللطیف مقدسی شافعی است. او کتاب صحیح بخاری را پیش استاد اخیرالذکر خوانده و در سال ٩٩٢ ق از وی اجازه روایت گرفته، صورت این اجازه در اجازات بحار تحت نمره ٦٩ ضبط شده است و استاد در این اجازه از وی با عنوان ابوالفضائل بهاءالدین محمد نام برده است.[٣]

از آنجا که شیخ بهایی از اجله علما و نوادر روزگار و از استادان با نشاط و پرکار زمان خود بوده و پیوسته به افاضه و افاده پرداخته و طالبان علم و مشتاقان معرفت را بی‌دریغ از سرچشمه علوم و معارف خود سیراب کرده است، عده کثیری از علمای اعلام و اندیشمندان قرن یازدهم هجری از شاگران وی می‌باشند که به برخی از آنها اشاره‌ می شود :

[١]. تنکابنی، همان، ص ١٨٣.

[٢]. منشی، اسکندر، تاریخ عالم آرای عباسی، ج١، ص١٥٦.

[٣]. مجلسی، محمدباقر، بحارالانوار، ج ١٠٨، ص ٩٧.