علّت مهاجرت عزالدین حسین پدر شیخ بهایی از شام، ظاهراً سخت‌گیری سلطان سلیمان قانونی بر شیعیان بود. این سلطان که ازسال(٩٢٦ تا ٩٧٤) بر عثمانی حکومت می کرد، پادشاه شامات هم بود و در اثر اختلاف با دولت شیعه صفوی به آزار شیعیان قلمرو خود پرداخت.

پنج سال بعد از مهاجرت پدر شیخ بهائی به ایران عوامل سنی سلطان عثمانی، شیخ زین الدین بن علی (٩١١ – ٩٦٥ ق) را شهید کردند و او که مؤلف شرح لمعه است به نام شهید ثانی معروف شد، عزالدین حسین از شاگردان شهید ثانی بود و از او اجازه روایت کتب وی را گرفته بود و خود تألیفاتی در فقه دارد که در روضات الجنات ذکر شده است.[١]

بنابراین عزالدین حسین پیش دستی کرده بود و قبل از آن که گرفتار مأمورین عثمانی شود به ایران آمده بود که در ظل سلطنت شاه طهماسب صفوی (٩٣٠-٩٨٤ ق) مأمن و پناهگاه قابل اعتمادی به دست آورد.

پدر شیخ و خانواده‌اش ابتدا به اصفهان رسیدند که در آن موقع زین الدین عاملی همشهری آنها شیخ الاسلام این شهر بود و به شیخ منشار معروف بود و قبلاً سال‌ها در هند اقامت داشت و کتابخانه بزرگی در آنجا برای خود فراهم کرده بود که گفته‌اند شامل چهار هزار جلد کتاب بود.[٢]

شیخ منشار همراه با کتاب‌های فراوان خود در سال ٩٢٨ هجری از هند به ایران آمد و درآن موقع شاه اسماعیل (٩٠٧-٩٣٠ ق) شاه ایران بود و به حکم او به سمت شیخ الاسلام و قاضی القاضات به هرات رفت.[٣]

[١]. همان، ج٢، ص ٣٢٩.

[٢]. همان، ص ٣٣٣.

[٣]. دهخدا، علی اکبر، لغت نامه، ذیل زین الدین، ص ٦٤٧.